Schwarzkopf mension 3d: [3D] MEN Schwarzkopf | интернет-магазин Москва

Содержание

Глина для создания текстуры — [3D]Mension Texture Clay Schwarzkopf Professional

Текстурирующая глина [3D]MEN Texture Clay специально разработана для укладки коротких мужских стрижек. Прекрасно подойдет для создания четко очерченных структурных образов и креативных причесок в стиле «мегаполис».

Легкая формула продукта позволяет ему равномерно распределяться по полотну волос, оставляя пряди естественными и подвижными. Глина [3D]MEN Texture Clay обладает легким матирующим эффектом, что дает возможность избежать появления глянцевого искусственного блеска и сохранить абсолютно натуральный вид волос. При необходимости средство можно легко удалить, просто помыв голову.

Текстурирующая глина [3D]MEN Texture Clay открывает неограниченные возможности в моделировании укладки: с ее помощью можно воплотить самые смелые идеи креативного стайлинга или же просто придать стрижке легкую структурность. Средняя степень фиксации и специальные влагостойкие компоненты уберегут образ от разрушения при любой погоде и самом высоком уровне влажности.

Способ применения: на сухие чистые волосы нанести небольшое количество глины [3D]MEN Texture Clay, предварительно согретой в ладонях. Создать желаемый образ.

Время применения: универсальное
Тип волос: все типы
Возраст: 18+
Пол: мужской
Объем: 100 мл.
Производитель: Schwarzkopf (Германия)
Сделано в: Германия

Доставка по г. Киеву

Стоимость курьерской доставки в любой район г. Киева 25 грн.
При покупке косметики на сумму от 500 грн, доставка
БЕСПЛАТНО

Курьерская доставка по г. Киеву осуществляется в удобное для Вас время в день заказа либо на следующий день, в зависимости от наличия товара на складе.

Для киевлян существует два способа оплаты:

Оплата курьеру наличными
Предоплата на карту банка

Доставка по Украине

Доставка по Украине осуществляется транспортным перевозчиком «Новая почта»
При покупке косметики на сумму от 1000 грн, доставка БЕСПЛАТНО

Доставка Новой почтой осуществляется в течении 1-3 дней. Ее длительность не зависит от интернет магазина Olivi. Отправка товаров «Новой почтой» осуществляется в день заказа либо на следующий день, в зависимости от наличия товара на складе.

При доставке Новой почтой есть два варианта оплаты:

Оплата наложенным платежом
Предоплата на карту банка

* Объем: 100 мл 200 мл 500 мл 1000 мл

71 грн.

* Цвет: 11 Black — Черная

163 грн.

Объем: 200 мл 1000 мл

179 грн.

* Цвет: PCC 1.0 Черный PCC 1.1 Черный Пепельный/Интен. Пепельный PCC 3.0 Темно-Коричневый Натуральный PCC 3.1 Темно-Коричневый Пепельный PCC 3.32 Темно-Коричневый Золотистый Жемчужный PCC 3.7 Темно-Коричневый Фиолетовый PCC 3.8 Темно-Коричневый Шоколадный PCC 4.0 Средне-Коричневый Натуральный PCC 4.04 Средне-Коричневый Натуральный Медный PCC 4.1 Средне-Коричневый Пепельный PCC 4.19 Средне-Коричневый Пепельный Матовый PCC 4.3 Средне-Коричневый Золотистый PCC 4.35 Средне-Коричневый Золотистый Красное Дерево PCC 4.37 Средне-Коричневый Золотистый Фиолетовый PCC 4.4 Средне-Коричневый Медный PCC 4.55 Средне-Коричневый Интенс. Красное Дерево PCC 4.80 Средне-Коричневый Шоколад Натуральный PCC 4.86 Средне-Коричневый Шоколадный/Шоколад Жемчужный PCC 4.89 Средне-Коричневый Шоколадный/Шоколад Матовый PCC 5.0 Светло-Коричневый Натуральный PCC 5.00 Светло-Коричневый Интенсивный Натуральный PCC 5.03 Светло-Коричневый Натуральный Золотистый PCC 5.3 Светло-Коричневый Золотистый PCC 5.31 Светло-Коричневый Золотистый Пепельный PCC 5.35 Светло-Коричневый Золотистый Красное Дерево PCC 5.4 Светло-Коричневый Медный PCC 5.56 Светло-Корич. Красное Дерево Красный PCC 5.60 Светло-Коричневый Красный Натуральный PCC 5.66 Светло-Коричневый Экстра Красный PCC 5.77 Светло-Коричневый Экстра Фиолетовый PCC 5.82 Светло-Коричневый Шоколадный Жемчужный PCC 6.0 Русый Натуральный PCC 6.00 Русый Интенсивный Натуральный PCC 6.03 Русый Натуральный Золотистый PCC 6.04 Русый Натуральный Медный PCC 6.1 Русый Пепельный/Интенс. Пепельный PCC 6.23 Русый Жемчужный Золотистый PCC 6.3 Русый Золотистый PCC 6.34 Русый Золотистый Медный PCC 6.35 Русый Золотистый Красное Дерево PCC 6.37 Русый Золотистый Фиолетовый PCC 6.4 Русый Медный PCC 6.43 Русый Медный Золотистый PCC 6.44 Русый Интенсивный Медный PCC 6.60 Темный Блондин Медный Натуральный PCC 6.66 Русый Экстра Красный PCC 6.77 Русый Экстра Фиолетовый PCC 6.80 Русый Шоколадный Натуральный PCC 6.83 Темный Блондин Шоколадно-Золотистый PCC 6.84 Русый Шоколадный/Шоколадный Жемчужный PCC 6.86 Темный Блондин Шоколадный Красный PCC 7.0 Средний Блонд Натуральный PCC 7.00 Средний Блонд Интенсивный Натуральный PCC 7.03 Средний Блонд Натуральный Золотистый PCC 7.2 Средний Блонд Жемчужный PCC 7.3 Средний Блонд Золотистый PCC 7.30 Средний Блонд Золотистый Натуральный PCC 7.31 Средний Блонд Золотистый Пепельный PCC 7.32 Средний Блонд Золотистый Жемчужный PCC 7.35 Средний Блонд Золотистый Красное Дерево PCC 7.40 Средний Блонд Медный Натуральный PCC 7.43 Средний Блонд Медный Золотистый PCC 7.44 Средний Блонд Интенсивный Медный PCC 7.82 Средний Блонд Шоколадный Жемчужный PCC 7.83 Средний Блондин Шоколадно-Золотистый PCC 8.0 Светлый Блонд Натуральный PCC 8.00 Светлый Блонд Интенсивный Натуральный PCC 8.03 Светлый Блонд Натуральный Золотистый PCC 8.1 Светлый Блонд Пепельный/Интенс. Пепельный PCC 8.3 Светлый Блонд Золотистый PCC 8.32 Светлый Блонд Золотистый Жемчужный PCC 8.34 Светлый Блонд Золотистый Медный PCC 8.43 Светлый Блонд Медный Золотистый PCC 8.66 Светло-Русый Интенсивный Красный PCC 8.77 Светлый Блонд Экстра Фиолетовый PCC 8.80 Светлый Блондин Шоколадный Натуральный PCC 8.83 Светлый Блондин Шоколадно-Золотистый PCC 9.0 Очень Светлый Блонд Натуральный PCC 9.00 Очень Светлый Блонд Интенсивный Натуральный PCC 9.03 Очень Светлый Блонд Натуральный Золотистый PCC 9.11 Очень Светлый Блонд Пепельный PCC 9.13 Очень Светлый Блонд Пепельный Золотистый PCC 9.2 Очень Светлый Блонд Жемчужный PCC 9.3 Очень Светлый Блонд Золотистый PCC 9.30 Очень Светлый Блонд Золотистый Натуральный PCC 9.32 Самый Светлый Блонд Золотисто-Жемчужный PCC 9.82 Очень Светлый Блонд Шоколадный Жемчужный PCC 9.83 Очень Светлый Блондин Шоколадный Золотистый PCC 10.0 Самый Светлый Блонд Натуральный PCC 10.03 Самый Светлый Блонд Натуральный Золотистый PCC MIX 100 Натуральный PCC MIX 0.11 Пепельный PCC MIX 0.22 Жемчужный PCC MIX 0.33 Золотистый PCC MIX 0.44 Медный PCC MIX 0.66 Красный PCC MIX С.03 Натуральный Золотистый PCC MIX С.32 Золотистый PCC MIX С.44 Медный PCC MIX С.66 Красный Экстра PCC MIX С.67 Красно-Фиолетовый PCC MIX С.76 Фиолетовый

72 грн.

Schwarzkopf Professional: Blond Me Keratin Restore — All Blondes | Отзывы покупателей

Уход за осветлёнными волосами — это всегда борьба. Борьба за блеск, оттенок, а также их состояние. И даже найдя уход, который нравится и подходит, всегда хочется попробовать что-то другое, авось будет лучше и эффективнее? Вот и получается, что узнав о какой-то серии ухода для блондинок, я сразу же спешу оформлять заказ. Так случилось и с серией Blond Me Keratin Restore от Schwarzkopf Professional, которая должна подходить всем разновидностям блонда. Как обычно, заказала шампунь, маску и бальзам, которые уже подходят к концу. Что из этого мне понравилось, а что, наоборот, разочаровало, узнаете из поста.

Schwarzkopf Professional — Blond Me Keratin Restore Bonding Shampoo Sulfate-free

Безсульфатные шампуни предназначены специально для окрашенных волос, так как медленнее вымывают пигмент, нежели шампуни обыкновенные. Зачастую отличаются отсутствием пышной пены, а также довольно умеренными очищающими свойствами (при использовании укладочных средств рекомендуется раз в неделю таки использовать глубокоочищающий шампунь). Так вот, если бы при слепом тесте мне кто сказал, что шампунь Blond Me безсульфатный, я бы не поверила. Потому как и пены мне достаточно, и очищения (волосы остаются свежими до 2-3 дней даже летом в жару), правда, лаками/гелями я не пользуюсь, только уходом несмываемым. Запах ненавязчивый салонный, на волосах остаётся, но внимание на себя не обращает (не люблю чувствовать аромат уходовых средств от волос).

С этим шампунем тонирование держится действительно немного дольше, чем с обычным, но не так, чтобы аж в разы, может на неделю-две. А вот что мне не нравится, так это спутывание волос во время мытья этим шампунем. Вроде бы всё делаю как обычно, а в итоге куча колтунов, которые потом нужно раздирать.

12.5€цена

7/10оценка

2 месяца, 2р/в неделюиспользование

Schwarzkopf Professional — Blond Me Keratin Restore Bonding Conditioner

Мне почему-то казалось, что кондиционер, который обещает восстанавливать кератин и «склеивать» чешуйки, должен хотя бы помогать в распутывании колтунов, которые возникают от мытья с шампунем. Но нет, в этом плане он не работает, равно как и ни в каком ином, кроме вредительства. Начнём с того, что он жидкий, какой-то нескользкий и не питательный. При нанесении на волосы он совсем никак не проявляет себя положительно: не распутывает волосы, не питает, не увлажняет, а наоборот, как-будто делает только хуже.

После его использования волосы сухие, пушащиеся во все стороны, лишенные какого-либо блеска. Одним словом, жуть. Я всячески пробовала реабилитировать его в своих глазах: и на 5 минут оставляла, и на 15, и под полотенцем, разве что феном не грела (уж простите, но на это я не готова). Единственное, что мне помогает, это использовать другой кондиционер. К слову, результат не зависит от того, какой шампунь используется.

Увидеть наглядно, что он делает с волосами, можно в видео:

И вот чего я не могу понять, так это почему кондиционеры Garnier Fructis, Head&Shoulders и Pantene работают на моих волосах в разы лучше, чем профессиональные? В своё время мне совершенно не понравился бальзам Kerastase, ибо был таким же бестолковым (сейчас перечитала отзыв, почти что идентичные впечатления, разве что он не сушил).

В общем, не понимаю я эти их а-ля салонные кондиционеры, которые ничего хорошего не делают.

13.5€цена

1/10оценка

2 месяца, 2р/в неделюиспользование

Schwarzkopf Professional — BlondMe Keratin Restore Bonding Mask

Единственный продукт из трио, который мне безоговорочно понравился — маска. Это потрясающий продукт, который и питает, и увлажняет, и придаёт сияние с блеском, и вообще больше похож на магию, чем на что-то реальное. Вот действительно, преображение.

Маска густая кремовая, наносится на отжатые чистые волосы на 10 минут (иногда я оставляю на дольше), использую раз в неделю, так как она достаточно питательная, да и расход на моих волосах большой.

С первого же использования напомнил мне маску из краски l`Oreal Preference, которую я тоже уже много лет люблю. При ближайшем сравнении оказалось, что это не прямо одно и то же, но на 8 из 10. При этом маску Blond Me можно купить отдельно, а вот лореалевскую только с краской.

Честно говоря, если бы она продавалась ведрами, я бы покупала. В отличие от бесполезного кондиционера, это прямо бальзам на ~~душу~~ волосы.

15.5€цена

10/10оценка

3 месяца, 1р/в неделюиспользование

Также хотелось бы отметить оформление линейки: очень привлекательный дизайн, как по мне, позолоченные крышки и надписи, все такое «дорого-богато», глаз радует. С другой стороны, откручивающиеся крышки в шампуне и кондиционере самую малость напрягают, ибо требуют относительно много времени на откручивание-закручивание, особенно влажными/мыльными руками.

Итого: если говорить в общем, то серия для меня вышла среднячковой — шампунь ничем не лучше тысяч других, кондиционер провальный, зато маска — находка. Вот и выходит, что в среднем впечатление так себе.

А вы пользовались средствами из этой линейки? Совпадают ли наши впечатления?

Краска мусс для волос schwarzkopf perfect mousse палитра

Краска для волос позволяет быстро и без лишних усилий изменить имидж. Рано или поздно большинству женщин надоедает натуральный цвет волос, хочется примерить новый образ. Раньше краска сильно вредила волосам, делала их сухими и безжизненными. Производители современных средств заботятся о своих потребителях, добавляя в состав ухаживающие компоненты. Одним из таких продуктов является краска мусс для волос schwarzkopf perfect mousse.

Описание

Все красящие составы делятся изделия, содержащие в составе аммиак и безаммиачные красители. Доказано, что последние практически безвредны. Они осторожно воздействуют на волосяную структуру, не травмируя ее и не повреждая. Смеси с аммиаком действуют по-другому. Красящие вещества просто въедаются в структуру, вытесняя естественный оттенок.

Продукт schwarzkopf perfect mousse аккуратно ложится на поверхность волоса. Хорошо закрашивает седину. Еще одно преимущество: легкость применения. Наносить мусс нужно по принципу применения средства для укладки. При этом не нужно бояться за окрашенные участки кожи. Нужно только правильно перемешать все ингредиенты.

Инструкция по применению

Использовать шварцкопф перфект мусс очень просто. В коробке есть инструкция, которая поможет тем, кто красит волосы впервые. В наборе есть перчатки, емкость с самим красителем и проявитель. Тут находится и поршень, который превращает состав в пену, имеется питательный бальзам. С таким набором можно не бояться за состояние своей шевелюры и смело использовать состав.

Наносить на пряди совсем нетрудно. Сначала нужно подготовить смесь. В инструкции точно обозначен процесс смешивания компонентов. В специальной емкости соединяются проявитель и окрашивающее вещество. С помощью поршня они превращаются в пену. Затем надеваются перчатки. Смесь осторожно распределяется по всей массе волос.

Нужно выдержать определенное время, а после просто смыть состав теплой водой. После этого нужно нанести кондиционер, который укрепляет и питает пряди. Он содержит экстракт орхидеи и соевый протеин.

Оттенки

Палитра цветов schwarzkopf perfect mousse разнообразна. Любая женщина выберет то, что подойдет ей больше. Тем, кто не хочет кардинально менять цвет волос, подойдут русые тона. Они выглядят естественно, при этом придают прядям живой блеск.

Каштановые цвета делают образ более ярким. Такой цвет всегда привлекает внимание. Палитра цветов шварцкопф перфект мусс имеет несколько каштановых оттенков.

В группу черных входят только два тона: натуральный и черно-каштановый. Последний выглядит необычно, но подойдет далеко не всем женщинам.

Несколько советов

иногда женщина долго не может определиться с оттенком. Если хочется выглядеть натурально, лучше выбрать тот, который отличается от природного не более чем на два тона. Палитра шварцкопф помогает избежать затруднений за счет большого количества оттенков;

подобрать нужный цвет поможет парикмахер;
перед началом процедуры нужно приготовить салфетки. Они уберут с лица следы краски;

лучше использовать старую одежду, которую не жалко испачкать;
состав наносится на сухие волосы;

чтобы как можно быстрее удалить пятна с кожи, перед окрашиванием рекомендуется нанести вазелин;

необходимо следить за временем. Не нужно держать смесь на голове дольше положенного;

лучше не смешивать разные оттенки;
смывать состав нужно над раковиной или ванной. Так он не сможет попасть в глаза;

перед процедурой лучше снять все украшения.

Отзывы

Женщины, попробовавшие шварцкопф, отмечают массу преимуществ. Многие после одного раза окончательно переходят на эту краску. Достоинств много. Средство экономично, поэтому достаточно использовать всего одну упаковку. Смесь легко готовится, а благодаря пене наносить ее очень просто. Вещество не имеет аммиака, поэтому приятно пахнет.

Продукт schwarzkopf perfect mousse легко и быстро смывается с кожи. Помогает даже простой мыльный раствор. При этом на волосах краска держится долго: оттенок сохраняется до 6 недель. Чтобы избежать неприятных ситуаций, рекомендуется сделать тест на аллергию. Если индивидуальная непереносимость не обнаружилась, можно смело пользоваться краской.

Понравилась статья? Помоги нашему сайту, расскажи о статье друзьям:

EAN 4045787179330 — [3d] Mension By Schwarzkopf Grey Shampoo 250 мл

EAN 4045787179330

EAN 4045787179330 связан с [3d] Mension By Schwarzkopf Grey Shampoo 250 мл

Здоровье и красота> Личная гигиена> Уход за волосами> Шампунь и кондиционер

EAN 4045787179330 имеет следующие варианты названия продукта:

[3d] Mension By Schwarzkopf Grey Shampoo 250ml
Schwarzkopf 3d Mension Hair Scalp Roots Gray Shampoo 250ml Sc062
Schwarzkopf 3D Mension Grey Shampoo
Schwarzkopf 16623200744 [3D] Mension Gray Shampoo — 250ml-250ml-серый шампунь.4 унции

Подробнее

EAN-13:	4 045787 179330
Amazon ASIN:	B00CO3D7PQ
Страна регистрации:	Германия
Торговая марка:	Schwarzkopf
Размер:
201-300 мл
Цвет:	Синий
Вес:	1.00 фунтов
Последнее сканирование:	2019-10-18 23:15:12

Информация о покупках

Продукты с EAN 4045787179330 были перечислены на следующих веб-сайтах. Цены на продукты действительны на указанную дату / время и могут изменяться.

Магазины	Информация о продукте	Цена	Последнее обновление
eBay UK	[3d] Mension By Schwarzkopf Grey Shampoo 250 мл	₤ 3.99	14.07.2016 04:41:51
eBay UK Подержанный	Schwarzkopf 3d Mension Hair Scalp Roots Grey Шампунь 250 мл Sc062	5,99	2019-01-18 05:12:28
OnBuy.com	Schwarzkopf 3D Mension Grey Шампунь	₤ 9,95	2019-10-18 23:15:12

Считаете ли вы эту информацию точной? О, да Конечно нет

Описание Отредактируйте его, если можете улучшить содержание.: [3d] Mension By Schwarzkopf Grey Shampoo 250 мл Представлять на рассмотрение Отмена
Спасибо за ваш вклад! Мы это проверим.

% PDF-1.6 % 230 0 obj> эндобдж xref 230 98 0000000016 00000 н. 0000003294 00000 н. 0000003471 00000 н. 0000003599 00000 н. 0000003656 00000 н. 0000004253 00000 п. 0000004392 00000 п. 0000004530 00000 н. 0000004669 00000 н. 0000004805 00000 н. 0000004946 00000 н. 0000005088 00000 н. 0000005224 00000 н. 0000005363 00000 п. 0000005498 00000 п. 0000005645 00000 н. 0000006321 00000 п. 0000006499 00000 н. 0000006566 00000 н. 0000007743 00000 н. 0000008902 00000 н. 0000010078 00000 п. 0000010179 00000 п. 0000011355 00000 п. 0000012327 00000 п. 0000013502 00000 п. 0000013699 00000 п. 0000021081 00000 п. 0000021429 00000 п. 0000021812 00000 п. 0000022003 00000 п. 0000029295 00000 п. 0000029629 00000 п. 0000029810 00000 п. 0000031779 00000 п. 0000032166 00000 п. 0000032574 00000 п. 0000032767 00000 п. 0000036865 00000 п. 0000037050 00000 п. 0000037440 00000 п. 0000038253 00000 п. 0000039256 00000 п. 0000040251 00000 п. 0000041426 00000 п. 0000041493 00000 п. 0000041675 00000 п. 0000042656 00000 п. 0000042835 00000 п. 0000043141 00000 п. 0000044081 00000 п. 0000044987 00000 п. 0000045866 00000 п. 0000046062 00000 п. 0000051766 00000 п. 0000052553 00000 п. 0000053729 00000 п. 0000053929 00000 п. 0000054138 00000 п. 0000054533 00000 п. 0000055337 00000 п. 0000056234 00000 п. 0000056353 00000 п. 0000056794 00000 п. 0000057107 00000 п. 0000058282 00000 п. 0000058327 00000 п. 0000058866 00000 п. 0000059044 00000 н. 0000059329 00000 п. 0000059389 00000 п. 0000059569 00000 п. 0000060547 00000 п. 0000061440 00000 п. 0000061634 00000 п. 0000062258 00000 п. 0000066289 00000 п. 0000068093 00000 п. 0000073111 00000 п. 0000073569 00000 п. 0000073755 00000 п. 0000073810 00000 п. 0000074513 00000 п. 0000074686 00000 п. 0000076540 00000 п. 0000076715 00000 п. 0000076757 00000 п. 0000076813 00000 п. 0000076961 00000 п. 0000077071 00000 п. 0000077119 00000 п. 0000077225 00000 п. 0000077424 00000 п. 0000077563 00000 п. 0000077688 00000 п. 0000077817 00000 п. 0000077938 00000 п. 0000002256 00000 н. трейлер ] >> startxref 0 %% EOF 327 0 obj> поток x ڜ ToHg.Fsw] B.m ը K & 65Ƙu] ؗ] — F7c [Vh? LZH ~ clu06_ {MZt_ =

% PDF-1.4 % 1361 0 объект > эндобдж xref 1361 111 0000000015 00000 н. 0000002544 00000 н. 0000003217 00000 н. 0000003482 00000 н. 0000003533 00000 н. 0000003569 00000 н. 0000003620 00000 н. 0000003923 00000 н. 0000003974 00000 н. 0000004025 00000 н. 0000004127 00000 н. 0000004268 00000 н. 0000004896 00000 н. 0000004997 00000 н. 0000005138 00000 п. 0000005769 00000 н. 0000005816 00000 н. 0000005878 00000 н. 0000006005 00000 н. 0000006036 00000 н. 0000006248 00000 н. 0000006412 00000 н. 0000006679 00000 н. 0000008879 00000 п. 0000009103 00000 п. 0000009291 00000 п. 0000009582 00000 п. 0000009882 00000 н. 0000011794 00000 п. 0000011959 00000 п. 0000012053 00000 п. 0000012255 00000 п. 0000012430 00000 п. 0000012595 00000 п. 0000012692 00000 п. 0000012947 00000 п. 0000013115 00000 п. 0000013355 00000 п. 0000013576 00000 п. 0000013885 00000 п. 0000014207 00000 п. 0000016625 00000 п. 0000016826 00000 п. 0000016950 00000 п. 0000017198 00000 п. 0000019004 00000 п. 0000019236 00000 п. 0000019350 00000 п. 0000019574 00000 п. 0000020112 00000 п. 0000020316 00000 п. 0000020466 00000 п. 0000020721 00000 п. 0000022698 00000 п. 0000023042 00000 п. 0000023500 00000 п. 0000023983 00000 п. 0000024521 00000 п. 0000031409 00000 п. 0000031584 00000 п. 0000031693 00000 п. 0000031911 00000 п. 0000032498 00000 п. 0000032734 00000 п. 0000032949 00000 п. 0000033254 00000 п. 0000033572 00000 п. 0000035863 00000 п. 0000036115 00000 п. 0000036363 00000 п. 0000036690 00000 н. 0000037040 00000 п. 0000040354 00000 п. 0000040519 00000 п. 0000040616 00000 п. 0000040871 00000 п. 0000041036 00000 п. 0000041199 00000 н. 0000041292 00000 п. 0000041494 00000 п. 0000041665 00000 п. 0000041882 00000 п. 0000042053 00000 п. 0000042341 00000 п. 0000042621 00000 п. 0000044202 00000 п. 0000044510 00000 п. 0000044733 00000 п. 0000045052 00000 п. 0000048532 00000 н. 0000048780 00000 п. 0000048958 00000 п. 0000049238 00000 п. 0000051205 00000 п. 0000051370 00000 п. 0000051464 00000 п. 0000051666 00000 п. 0000051841 00000 п. 0000052213 00000 п. 0000052734 00000 п. 0000053255 00000 п. 0000053848 00000 п. 0000061883 00000 п. 0000062243 00000 п. 0000062737 00000 п. 0000063235 00000 п. 0000063804 00000 п. 0000071126 00000 п. 0000076596 00000 п. 0000164059 00000 н. 0000002617 00000 н. трейлер > startxref 0 %% EOF 1362 0 объект > эндобдж 1471 0 объект > поток

Атлас клонов нервного гребня вдоль задней развивающейся рыбки данио с одноклеточным разрешением

Существенных изменений:
Рецензенты пришли к единому мнению, что, хотя эта работа представляет собой полезный набор данных, текущая рукопись не делает выводов о нервном гребне, сделанных на основе этих данных.В рукописи подробно обсуждается экспрессия генов в различных популяциях NCC без особого функционального анализа и без предложения новых идей. Чтобы стать пригодной для публикации в eLife, рукопись должна быть отредактирована, чтобы сократить методологические аспекты, представить новые результаты и подчеркнуть их значение. Судя по представленным данным, кишечные нейроны и Hox-код предоставляют такие возможности. Что касается кишечных нейронов, в текущей рукописи упущена возможность беспристрастно использовать данные scRNA-seq, авторы искали известные сигнатуры.Будет важно продемонстрировать, что этот набор данных может выявить ранее не описанные гены и пути. Понятно, что в нынешней ситуации продолжающейся пандемии и сокращения лабораторных работ функциональные анализы невозможны, хотя проверка экспрессии некоторых новых генов значительно укрепила бы рукопись.

Мы пересмотрели рукопись, чтобы сбалансировать методологические аспекты, а также выделить новые результаты, которые стали возможными благодаря анализу наших наборов данных RNA-seq для отдельных клеток.Мы согласны с рецензентами в том, что паттерны экспрессии кишечных генов и генов Hox дают возможность сосредоточиться на новых открытиях; Таким образом, мы расширили анализ этих подписей в исправленной рукописи.

Во-первых, мы представляем анализ зарождающихся популяций кишечных нейронов, в котором мы обнаружили присутствие клеток по спектру состояний дифференцировки с помощью анализа субкластеров. На основе этого анализа (рис. 5) мы обнаружили, что кишечные популяции рыбок данио существуют в нескольких субпопуляциях — энтеральные нейроны-предшественники, незрелые энтеральные нейроны и энтеральные клетки, дифференцирующиеся в сторону определенного сенсорного подтипа.Используя данные обнаруженных нами кишечных субпопуляций, мы провели беспристрастный анализ путей и, среди многих новых путей, обнаружили присутствие рецепторов опиоидного пути в дифференцирующихся кишечных нейронах — новое открытие для области развития ENS. Важно отметить, что мы подтвердили экспрессию in situ генов опиоидных рецепторов в кишечных нейронах вдоль кишечника in vivo с использованием HCR. Мы подчеркиваем и обсуждаем важность обнаружения опиоидных рецепторов в формирующихся кишечных нейронах в рамках нашего пересмотренного обсуждения.

Во-вторых, мы расширили анализ кодов генов Hox в атласе sox10 , представленном в рукописи. Путем расчета попарных значений коэкспрессии всех генов hox , экспрессируемых в атласе, мы представляем матрицу данных, которая суммирует комбинаторную экспрессию hox в кишечных нейронах и вегетативных нейронах (рис. 7). Мы впервые обнаружили у рыбок данио специфический код кишечного нейрона hox , отмеченный обогащением hoxb2a , hoxa5a , hoxd4a , hoxb5a и hoxb5b. Мы подтвердили in situ экспрессию HCR четырех из этих факторов hox в кишечных клетках phox2bb + вдоль средней кишки рыбок данио in vivo. Анализ попарной коэкспрессии показал, что энтеральные нейроны присутствуют в различных комбинаторных состояниях энтерального кода во время их дифференцировки, выявляя новые детали, касающиеся гетерогенности ранних энтеральных транскрипционных состояний.

Наконец, мы продемонстрировали, что атлас sox10 можно использовать для демонстрации новых генов внутри субпопуляций во времени.Мы выделили известные и новые гены мезенхимальных, пигментных и нейронных популяций на рисунке 6 — приложение к рисунку 2. Выходя за рамки этого и привнося силу атласа в научное сообщество, мы депонировали наш объединенный набор данных атласа Сёра в браузер клеток UCSC. , который позволяет интерактивно оценивать аннотированные популяции клеток и запрашивать интересующие гены.

1) Введение может быть улучшено путем обсуждения известной регуляторной сети генов на этих стадиях и типах клеток.Это поможет поместить исследование в контекст того, что известно в данной области. Это может включать анализ экспрессии с помощью РНК in situ и анализ последовательной РНК в этой популяции.

Мы добавили некоторые примеры недавних исследований, посвященных генным регуляторным сетям клеток нервного гребня и их ранне образующихся производных. Как подчеркнуто во Введении, большая часть того, что известно о развитии нервного гребня с использованием транскриптомики и исследований профиля хроматина, сосредоточено в основном на спецификации раннего нервного гребня на предмиграционных и ранних миграционных стадиях.Заполняя пробел в знаниях в этой области, наше исследование фокусируется на более поздних фазах миграции нервного гребня и дифференциации подтипов клонов.

2) Использование PTU не представляется необходимым для целей эксперимента, поскольку сигнал GFP должен быть виден даже с пигментацией. Поэтому рецензенты задавались вопросом, почему авторы включили эту процедуру. Хотя технически предполагается, что PTU не влияет на ранние стадии дифференцировки меланофоров, возможные последствия этого должны быть по крайней мере прояснены, поскольку есть доказательства того, что PTU может влиять на организм на молекулярном и физиологическом уровнях.

Мы добавили предложение в раздел «Материалы и методы», чтобы прояснить использование PTU в наших исследованиях. Мы добавили низкие дозы PTU к эмбрионам после первого дня развития, чтобы предотвратить образование пигментации, что облегчило сортировку GFP перед диссекцией. Хотя было показано, что высокие дозы PTU до первого дня развития отрицательно влияют на эмбриональное развитие, мы признали это в Материалах и методах, и что считается, что низкие дозы PTU не вызывают дефекты развития нервного гребня на стадиях, которые мы исследовали в наше исследование.

3) Следует обсудить, как маркеры классификации типов ячеек выбираются для кластеризации. Для тех, кто не в поле, это непонятно. Пожалуйста, добавьте.

Мы добавили информацию о том, как кластеры были аннотированы классификациями типов ячеек в Результаты и Материалы и методы. Мы также хотели бы уточнить, что кластеризация Seurat транскриптомов RNA-seq одиночных клеток была выполнена на основе анализа ПК перед любыми классификациями типов клеток, стандартными для конвейера Seurat, как мы описываем в материалах и методах.

4) Раздел результатов следует значительно сократить и сжать. Более половины раздела результатов (от 12 до 14 страниц) просто описывает процесс аннотирования данных авторами. Это можно легко резюмировать в виде рисунка на всю страницу с аннотированным графиком tSNE и точечным графиком, указывающим маркеры, которые использовались для определения аннотаций. Фактически, это было бы намного понятнее для читателей.

Мы согласны и сократили первую половину раздела «Результаты».Наряду с этим, мы также суммировали / сжали первые исходные три цифры в одну главную цифру с одним дополнением. Новый рисунок 1 содержит аннотированные tSNE и точечные диаграммы, суммирующие основные категории типов клеток из sox10 + ячеек для каждой основной временной точки, как было предложено обозревателями.

5) Кроме того, многие другие разделы результатов настолько подробны, что затемняют смысл авторов. Сжатие прозы значительно улучшит рукопись. Таким примером является абзац третий подраздела «Разрешенные клоны хроматофора пигментных клеток».Могут ли авторы не просто сказать: «Предыдущая работа определила меланофоры в различных пролиферативных и дифференцирующих состояниях на 5 dpf (Saunders et al., 2019). Мы обнаружили, что эти состояния возникают между 50 и 68 часами после оплодотворения, так как все меланофоры находились в фазе G1 через 48 часов. -50 hpf, но сформировал два отдельных кластера на 68-70 hpf, дифференцированных по состоянию их клеточного цикла ».

Наряду с комментарием 4 выше, мы также отредактировали многие разделы результатов, чтобы упростить прозу, включая раздел, посвященный пигментным клеткам.

6) Анализ экспрессии HCR — хорошее дополнение, чтобы показать экспрессию некоторых генов, которые экспрессируются в определенных популяциях. Однако показанные гены уже известны, и поэтому изображения с более высоким разрешением (для черепно-лицевой фигуры пигменты I и J трудно увидеть, кишечная фигура хороша, но также может быть полезна секционный анализ), чтобы показать клетки нервного гребня на клеточном уровне и потенциал в целом выражение сдвинет поле и будет более похоже на секвенирование отдельной клетки.Это также было бы полезно для интерпретации данных. При этом было бы интересно показать некоторые гены в кластерах, которые являются новыми или которые, как было показано, также не экспрессируются в этом типе клеток.

Мы заменили изображения HCR для краниофациального рисунка мезенхимы (новый рисунок 3) обрезанными (дополнительно увеличенными) изображениями, чтобы проиллюстрировать отдельные домены экспрессии мезенхимальных маркеров, которые мы хотим выделить. Мы заменили изображения HCR, показывающие пигментные маркеры в I и J, новыми изображениями (новый рисунок 2).Мы добавили новые данные изображения HCR, чтобы показать совместную экспрессию новых представляющих интерес генов в развивающейся кишечной нейрональной популяции вдоль кишечника рыбок данио, включая гены семейства опиоидов и факторов транскрипции Hox. Мы благодарим рецензентов за эти предложения.

7) «Иерархическая кластеризация клеток с общими мезенхимными и хондрогенными идентичностями с использованием дерева кластеров»: это технически некорректно, если предположить, что авторы использовали BuildClusterTree (что кажется таковым из материалов и методов).Эта функция не работает на уровне ячеек, но иерархически кластеризует сигнатуру среднего выражения уже рассчитанных кластеров.

Спасибо, что указали на эту ошибку. Мы действительно использовали инструмент BuildClusterTree в Seurat для создания наших деревьев кластеров в документе. Мы уточнили описание этого в тексте.

8) Непонятно, почему авторы представляют данные дважды, сначала как каждую отдельную временную точку, а затем как комбинированный анализ, когда одни и те же кластеры восстанавливаются в комбинированном анализе.Кажется, было бы проще и информативнее просто представить объединенные данные.

Мы постарались сначала показать каждый набор данных отдельно, поскольку мы намеревались продемонстрировать sox10 клеточных популяций, присутствующих в каждый момент времени, чтобы затем дать возможность оценить объединенный набор данных, показанный позже. Действительно, мы извлекли важные данные из данных по отдельным временным точкам, о чем свидетельствует анализ кишечных субкластеров и популяций, содержащихся в них, в поздний момент времени (рис. 5).С другой стороны, мы использовали комбинированный анализ, чтобы задать вопросы о глобальных тенденциях экспрессии гена hox (рисунок 7) и дифференциальной экспрессии между временными точками (рисунок 6). Это демонстрирует, что изучение набора данных в нескольких масштабах дает интересные результаты, которые стоит изучить.

9) Авторы приводят примерное количество ячеек, о котором сообщает конвейер 10x Cell Ranger, что соответствует 2300 и 2580 для 48-50 л.с. и 68-70 л.с. соответственно. Мы поняли, что эти числа соответствуют предполагаемому количеству ячеек, которое конвейер 10x смог определить, которое на следующих этапах служит входными данными для анализа Сёра в R.Общее количество используемых ячеек после всех этапов контроля качества составляло 1608 (58-60 л.с.) и 2410 (68-70 л.с.). Однако не было информации о том, сколько ячеек было загружено в чип 10x. Эта информация поможет другим, особенно в сообществе рыбок данио, лучше планировать эксперименты с отдельными клетками и предоставит дополнительную информацию о качестве суспензии клеток.

Благодарим рецензентов за это предложение. Мы добавили эту информацию в Рисунок 1 — приложение к рисунку 1 и в Материалы и методы.

10) Рецензенты были удивлены тем, что на этих стадиях существует большая популяция клеток, классифицируемых по нервному гребню. Они задавались вопросом, являются ли это клетки-предшественники и остаются ли они у взрослых? Кроме того, похоже, что большая часть популяции нейронов кишечника, где же ганглии задних корешков и популяции симпатических нейронов?

Да, мы задавались тем же вопросом после первоначального изучения наборов данных. Мы не думаем, что клетки, которые мы классифицируем как нервный гребень, являются просто клетками-предшественниками.Они экспрессируют настоящие маркеры нервного гребня, такие как sox10 , foxd3, ngfrb и tfap2a , и специфичный для рыбок данио маркер нервного гребня crestin . Мы подтвердили коэкспрессию crestin с foxd3 и ngfrb через HCR (рис. 4), а также наблюдали клеток crestin + в проводящих путях нервного гребня в эти моменты времени ранее (Uribe et al., 2015, et al. ., 2018). Мы считаем, что это настоящий нейронный гребень, судя по их сигнатурам.Мы не знаем, остались ли клетки нервного гребня с такими сигнатурами у взрослых рыбок данио, это, безусловно, будет интересно исследовать в будущем.

С точки зрения обнаружения ганглиев задних корешков и симпатических нейрональных клеток в наборах данных sox10 , мы действительно обнаружили сигнатуры предшественников ганглиев задних корешков в нашей первой временной точке, которые мы описали как сенсорные сигнатуры в результатах и показаны на рисунке 1 — рисунок Приложение 6. Для популяций симпатических нейронов при более тщательном изучении второй временной точки наших наборов данных мы обнаружили симпатические сигнатуры и создали новую цифру для ее описания, Рисунок 5 — Рисунок Дополнения 2.Благодарим рецензентов за предложения.

11) На двух стадиях развития нервного гребня было бы интересно включить то, как экспрессия генов изменяется во время развития. Не могли бы вы представить комбинированный UMAP со стадиями, окрашенными, чтобы увидеть, где они попадают, и наборы генов, которые изменяют экспрессию в течение времени развития в подкластерах? Выделение генов, которые изменяются с течением времени в каждом кластере, было бы очень информативным.

Мы согласны с рецензентами.Первоначально мы включили комбинированный UMAP с окрашенными этапами, чтобы увидеть, где этапы попадают в атлас, в исходный рисунок 8 — приложение к рисунку 1A. Теперь мы расширили этот анализ на новом рисунке, Рисунок 6 — рисунок в приложении 2, чтобы включить в него наборы генов, которые меняют экспрессию в подкластерах с течением времени, как это было предложено авторами обзора. Для этого мы сосредоточились на подмножествах атласа, чтобы изучить мезенхиму, пигмент и нейронные / нейрональные аннотированные клеточные популяции. Исходя из этого, мы нашли ожидаемые гены из нашего предыдущего анализа, а также новые гены, которые не были описаны ранее в этих популяциях клеток sox10 +, и выделили их в результатах.В глобальном масштабе мы согласны с рецензентами, что возможность использовать атлас для изучения изменения экспрессии генов с течением времени является информативным, и поэтому мы интегрировали набор данных в интерактивный браузер ячеек, размещенный в браузере ячеек Калифорнийского университета в Санта-Крус (описанном в документе ), где пользователи могут интерактивно просматривать глобальные популяции клеток, а также интересующие гены. Мы благодарим рецензентов и надеемся, что этот ресурс поможет продвинуться в этой области.

12) Обсуждение предпоследнего абзаца: Это потенциально интересный вывод, на который авторы могли бы потратить больше времени в статье.Стоит ли создавать какую-либо версию рисунка, которая сочетает в себе обзор того, что известно об этих сигнатурах из других систем (и каких других систем), с тем, что авторы наблюдают у рыбок данио? Можно представить себе какую-то форму точечного рисунка с цветовым кодом организма, но, очевидно, у авторов могут быть более творческие идеи.

Мы соответствующим образом отредактировали это заявление из того, что было написано в Обсуждении. Хотя мы согласны с тем, что это интересная цифра для обобщения по теме, она выходит за рамки того, что мы планировали для нашего атласа, и мы намерены включить это замечательное предложение в будущую обзорную статью или будущую статью.

13) Митохондриальные гены были регрессированы из набора данных во время выравнивания Cell Ranger. Митохондриальные гены вместе с рибосомными генами являются полезными показателями для оценки качества клеток. Высокие уровни экспрессии митохондриальных генов могут указывать на плохое качество образца, апоптотические клетки или мультиплет. Или, если он ограничен несколькими кластерами, он может выявить природу некоторых клеток (например, повышенную метаболическую активность). Однако авторы решили исключить митохондриальные гены из выравнивания.Почему?

Благодарим рецензентов за обнаружение этой ошибки в описании наших методов. Мы поясняем, что мы не удаляли митохондриальные гены из выравнивания и убрали это утверждение из Материалов и методов.

14) В документе не упоминается, как данные и код будут доступны. Стандартной практикой было бы размещение файлов FASTQ, а также таблицы счетчиков, выводимой CellRanger в GEO. Более того, это довольно стандартная практика (и обычно приветствуется) — делать обработанные объекты Seurat доступными (либо через веб-сайт лаборатории, Data Dryad, либо на какой-либо другой платформе хостинга).Кроме того, общепринятой практикой является публикация кода, который использовался для анализа данных и создания цифр.

Благодарим рецензентов за обнаружение этого упущения. Действительно, мы депонировали наборы данных FASTQ в GEO, подробности которых теперь включены в конце материалов и методов. Кроме того, мы преобразовали наборы данных Сера в интерактивный браузер ячеек, размещенный в браузере ячеек Калифорнийского университета в Санта-Крус (описанном в документе), где пользователи могут интерактивно просматривать глобальные популяции клеток, а также интересующие гены.Код, используемый для анализа наборов данных, также доступен в нашей лаборатории на GitHub. Мы благодарим рецензентов и надеемся, что этот ресурс поможет продвинуться в этой области.

[Примечание редакции: до принятия были предложены дальнейшие изменения, как описано ниже.]

Редакций:
Все рецензенты считали, что авторы значительно улучшили рукопись, удалив многие технические описания из своих результатов. Однако они также подумали, что можно сделать больше, чтобы сделать раздел «Результаты» более читабельным.Остается много ненужных деталей и повторов, что затрудняет передачу важных результатов. Более того, рукопись воспринимается как написанная для аудитории нервного гребня и, следовательно, менее доступной для более широкой (eLife) аудитории, что делает мотивацию авторов и основные выводы неясными. Конкретные комментарии и предложения рецензентов, которые могут помочь в внесении дополнительных исправлений, прилагаются ниже.
Рецензент № 1:
Мой единственный оставшийся комментарий, который не должен блокировать публикацию, но, возможно, вдохновит авторов на некоторые дополнительные пересмотры, заключается в том, что в целом я все еще считаю, что проза разочаровывающе сосредоточена на технических аспектах довольно стандартного анализа отдельных ячеек за счет описывая открытия из этих анализов.Многие разделы статьи заканчиваются основным выводом о том, что раздел «демонстрирует силу атласа sox10 для…», но я не знаю, почему это неоднократно считается результатом, учитывая, что стандартные и хорошо продемонстрированные методы анализа использовались на данные, полученные с использованием стандартных ныне подходов. Новый и расширенный раздел «Обсуждение» показывает, что авторы обнаружили некоторые интересные результаты, но я чувствую, что они значительно их разбавляют, уделяя так много внимания тому, чтобы рассказать нам о силе уже стандартных подходов к одноклеточной геномике и о процессе аннотирования данные, когда они могли вместо этого сосредоточить внимание на своих более интересных открытиях.Например, я считаю, что это особенно верно в представлении мезенхимы, которое, по-видимому, в основном сосредоточено на описании существующих маркеров мезенхимы и на том, как они использовались для идентификации мезенхимы, а затем на количестве обнаруженных в ней кластеров, но без подробного описания того, что это за маркеры. кластеры или что их определяет.

Мы отредактировали представление результатов по мезенхиме, чтобы сосредоточиться на том, что мы обнаружили, что определяет кластеры, управляющие аннотациями. Следуя аннотациям, мы обнаружили различные специфические генные сигнатуры среди кластеров мезенхимы.Например, мы обнаружили идентифицирующие мезенхиму клетки, экспрессирующие хондрогенные маркеры (barx1), пролиферативные сигнатуры (pcna), мигрирующие гены (snai2, rac1), стержневидные сигнатуры (uhrf1) и т. Д. Описание того, что представляют собой кластеры и какие гены определяют они включены в аннотационную таблицу на Рис. 1 — приложение к рисунку 5. Для ясности, мы теперь называем различные кластеры мезенхимы транскрипционно отличными субпопуляциями и / или кластерами мезенхимы и отредактировали текст, чтобы отразить это. Мы оставляем дальнейшие исследования популяций мезенхимы открытыми для исследователей, заинтересованных в будущем.

Мы благодарим рецензента за отзыв, который позволил нам улучшить текст. В целом, мы внесли правки и удалили большую часть формулировок, сосредоточенных на выделении технических методов анализа. Мы отредактировали разделы рукописи «Результаты» и «Обсуждение», чтобы они были более краткими, но при этом обеспечили достаточное количество деталей, чтобы читатель мог понять наборы данных. Мы реорганизовали обсуждение, чтобы выделить новые открытия.

Рецензент № 2:
Несмотря на новые дополнения, рукопись остается очень описательной, и остается серьезная проблема с точки зрения стиля письма.
1) Авторы добились значительных улучшений, удалив многие технические описания из своих результатов. Однако это мало помогло сделать раздел «Результаты» более читабельным. Остается много ненужных деталей и повторов, что затрудняет передачу важных результатов. Используемый язык часто разговорный, с некоторыми грамматическими ошибками, что делает чтение чрезвычайно сложным, особенно для неспециалистов в области NCC или биологии отдельных клеток.

Может оказаться полезным чтение рукописи в профессиональной научной редакции. Приведу несколько примеров:
— «Мы использовали трансгенную линию рыб Tg (-4,9sox10: EGFP) (далее 117 sox10: GFP) для идентификации». Авторам было предложено использовать термин «рыба данио» вместо «рыба», поскольку для этих типов исследований используются другие рыбы, и это сбивает с толку. Пожалуйста, исправьте это.

В этом предложении мы удалили слово «рыбная леска» и заменили его на «трансгенную линию».

— Что означает «замечательно захваченный»?

Мы убрали слово «замечательно».

— «Взятые вместе, эти результаты показывают, что наборы данных scRNA-seq эффективно идентифицируют дискретные субпопуляции, и в сочетании с нашим анализом HCR эффективно показывает, что мы можем проверить эти клеточные популяции in vivo». Уточните, какие подгруппы упоминаются здесь.

Мы отредактировали это заключение, чтобы уточнить, какие популяции (пигментные клетки) упоминаются.

— Неясно, что авторы имели в виду под «ранней дифференцировкой нейронов». Для ясности укажите точную или диапазон стадий развития.

Мы прояснили диапазон стадий развития, к которым относится ранняя нейрональная дифференцировка в отношении обсуждаемых кишечных клеток, который теперь включен в пересмотренный абзац.

— «Дальнейшее исследование этих путей привело к идентификации…» — было бы достаточно просто заявить для e.грамм. что «oprl1 и oprd1b, которые являются членами этого пути, были экспрессированы в подкластере 3»?

Мы отредактировали параграф, описывающий экспрессию генов опиоидного пути в кишечных популяциях, для большей ясности.

— «. Паттерны факторов транскрипции Homeobox, известные как hox-гены…» — как факторы транскрипции могут быть известны как гены? Пожалуйста, перефразируйте это.

Мы отредактировали эту формулировку, чтобы заявить: «экспрессия генов hox , которые кодируют факторы транскрипции Homeobox…».

2) Раздел «Обсуждение» также очень длинный и содержит множество повторений результатов, которые можно было бы значительно сократить. Есть также много анекдотической информации об опиоидах, которая кажется неуместной и ненужной.

Мы внесли изменения, чтобы сделать раздел «Обсуждение» более кратким, чем в предыдущей версии рукописи. Мы удалили анекдотическую информацию об опиоидах. В целом, мы внесли правки в обсуждение и удалили все повторы, которые смогли найти.

3) При описании мезенхимальных кластеров авторы использовали термин «подтипы». Кажется более подходящим называть их просто «кластерами», поскольку не проводился систематический анализ (например, экспрессия маркеров определенного типа клеток), чтобы определить, представляет ли каждый из этих кластеров barx1 + и dlx2a + отдельные подтипы клеток. Более того, количество полученных кластеров зависит от порога, установленного в анализе данных scRNA-seq, который, следовательно, является произвольным по своей природе.

Рецензент указал на область, заслуживающую дальнейшего разъяснения.Первоначально мы назвали клетки «подтипами» из-за того, что они включали в себя кластеры, которые мы обозначили с основным типом клеток мезенхимы, но также демонстрировали транскрипционно-отличные сигнатуры, которые мы тщательно аннотировали с помощью различных маркерных генов, обозначающих состояния клеток. В таблице на рис. 1 — приложение 5 к рисунку перечислены основные обозначения типов ячеек для каждого кластера, а также отдельные аннотации для каждого «подтипа» ячеек в рамках каждой категории основных типов ячеек. Следуя всем аннотациям, мы обнаружили различные специфические генные сигнатуры среди кластеров мезенхимы.Например, мы обнаружили идентичные мезенхиме клетки, экспрессирующие хондрогенные маркеры, пролиферативные сигнатуры, мигрирующие гены, стеблеобразные сигнатуры и т. Д. Для ясности мы будем называть различные кластеры мезенхимы транскрипционно-отличными субпопуляциями и / или кластерами мезенхимы и отредактировали текст, чтобы отразить это.

Аналогично, параметр разрешения из функции Seurat FindClusters определяет количество полученных кластеров. Естественно, выбор этого параметра является произвольным и требует индивидуальной настройки для каждого образца.Просмотр данных в различных разрешениях может помочь улучшить идентификацию новых типов клеток. Есть ли какая-то конкретная причина, по которой авторы решили применить резолюцию 1.2? Было бы полезно уточнить, как был выбран этот порог.

В качестве одного из первых методов анализа данных, которые мы применили при изучении наших наборов данных, мы действительно рассмотрели данные с разным разрешением, чтобы помочь улучшить идентификацию новых типов клеток. Мы добавили предложение в «Материалы и методы», чтобы описать это: «Значение разрешения для FindClusters было определено эмпирическим путем путем итеративной оценки значений сгенерированных шаблонов кластеров в диапазоне от 0.4 до 2.0. Разрешение было установлено на 1,2, что обеспечивает баланс между чрезмерной сегментацией идентификаторов ячеек и эффективным разделением кластеров, отображаемых tSNE ».

4) «… экспрессия pbx3b может способствовать предположению о сигнатуре IPAN, характеризующейся присутствием calb2a, ache и slc18a3a и потерей маркеров ингибитора nos1 и vipb». — неясно, как наблюдения авторов привели к этой гипотезе, поскольку ранее они заявляли, что «… экспрессия pbx3b была обнаружена в комбинации с calb2a, vipb и nos1…».Просьба уточнить.

Мы отредактировали параграф в разделе «Результаты», описывающий выражение подписи IPAN у рыбок данио, чтобы решить эту проблему и уточнить данные. Более того, мы переместили описание модели приобретения судьбы IPAN (Рис. 5F) в Обсуждение, где оно более уместно описано в сочетании с недавней литературой по мышам.

5) «В целом, эти результаты предполагают, что клетки субкластера 0 могут представлять собой пул незрелых симпато-энтеральных нейронов, и что субкластеры 1 и 4 оба представляют лучше разрешенные, но все еще незрелые пулы энтеральных и симпатических нейронов.«- непонятно, как авторы пришли к этому понятию, тем более что кластер 0, 1 и 4 ранее даже не упоминался.

Мы согласны с тем, что включение дополнительной информации о подкластерах 0, 1 и 4 усилит и прояснит результаты подкластера. Мы расширили этот абзац в разделе «Результаты», чтобы более подробно описать подкластеры 0, 1 и 4.

6) Было бы полезно, если бы авторы также аннотировали кластеры на рис. 6 — дополнение к рисунку 2, панель A и рисунок 7 — дополнение к рисунку 1, панель J.

Согласны. Мы аннотировали кластеры на рисунке 6 — добавление к рисунку 2A и рисунок 7 — приложение к рисунку 1J.

7) «Мы выполнили фильтрацию клеток и кластеризацию (.) Клеток, которые содержали низкие (<200) или высокие (> 2500) гены, были удалены из анализа».
— Как показано на Рисунке 1 — Дополнение к рисунку 1, панель C, около 4905 и 4669 ячеек были загружены для инкапсуляции в картридж 10x, в результате было идентифицировано 2300 и 2580 ячеек. После стадии фильтрации, которая проводилась только на основе содержания гена, были получены клетки 1608 и 2410.Ожидаемая скорость мультиплета при такой концентрации суспензии клеток должна быть низкой (около 2% в соответствии с протоколом 10x), поэтому большая потеря количества клеток является довольно неожиданной. Попросите авторов проверить, почему потеря клеток при применяемом пороговом уровне для образца 48-50 HPF намного выше, чем ожидалось. Кроме того, проверяли ли они распределение экспрессируемых генов перед установкой пороговых значений содержания генов на клетку?

Мы исследовали распределение экспрессируемых генов до того, как установить окончательный порог для нашего анализа, учитывая подходящее лечение для обоих анализируемых временных точек.Поскольку нам пришлось бы применить порог гена <2500 к набору данных 68-70 hpf, мы также приняли это значение в наборе данных 48-50 hpf, чтобы обеспечить как можно более равное обращение между ними. Выбор относительно жесткого порога для количества функций (<200 и> 2500) позволил нам создать высококачественный набор данных. Хотя возможно, что это снижает вероятность обнаружения возможных редких популяций клеток, строгие наборы данных позволили нам уверенно исследовать транскрипционный ландшафт нервного гребня.Повторная оценка нашего набора данных 48-50 hpf с более высоким порогом (> 200 и <4000) сохраняет более высокую долю клеток (2297 клеток), но включение этих клеток не повлияет существенно на наш последующий анализ. На этом этапе мы считаем, что более строгая ошибка для создания высококачественного набора данных предпочтительнее обратного, особенно когда мы в конечном итоге намерены использовать наш анализ в качестве основы для дальнейшего продвижения сообщества. Если информация, содержащаяся в этих ячейках, будет полезна пользователю в будущем, они будут включены в необработанные данные, опубликованные на портале Омнибус экспрессии генов NCBI.

— Кроме того, включение содержимого митохондриальных генов в этап фильтрации может помочь уверенно идентифицировать клетки низкого качества.

Мы благодарны за предложение об использовании содержания митохондриальных генов на этапе фильтрации, чтобы помочь в обнаружении клеток низкого качества. Мы определили, что удаление клеток, которые экспрессируют умеренные уровни митохондриальных генов, минимально влияет на набор данных, особенно в сочетании со строгим порогом, описанным выше.С этой целью мы сохранили клетки с заметными уровнями экспрессии митохондриальных генов и уверены, что полученный набор данных надежно отражает разнообразный транскрипционный ландшафт, ожидаемый в заднем нервном гребне на этапах выборки.

8) Рисунок 1 — дополнение к рисунку 1, панель C — несовместимый формат числа (запятая, точка, пробел), например среднее чтение на ячейку (74017 против 62109 и т. д.)

Мы удалили все запятые в таблице на рисунке 1 — добавлении к рисунку 1, чтобы использовать согласованное форматирование чисел.

9) «… Категории основных типов клеток были основаны на наличии генов маркеров сигнатуры…». Подходит ли слово «присутствие» в этом контексте? Присутствие — это, скорее, двоичное значение и принимает два варианта: 1 — присутствует, 0 — нет. Кажется более точным использовать термин «экспрессия» этих сигнатур / маркерных генов.

Мы изменили слово «присутствие» и используем вместо него «выражение».

https://doi.org/10.7554/eLife.60005.sa2

Страница не найдена — IGSD

Вашингтон, округ Колумбия — Соединенные Штаты и Европейский Союз приняли глобальное обязательство сократить глобальные выбросы метана почти на треть к 2030 году в рамках более широких усилий по решительному противодействию климатическому кризису.Это первый раз, когда главы государств пообещали принять конкретные меры по сокращению выбросов суперклиматических загрязнителей, чтобы достичь целевого показателя температуры 1,5 ° C, установленного Парижским соглашением. Это объявление последовало за встречей глав государств, известной как Форум крупнейших экономик по энергии и климату , организованный сегодня президентом Байденом.

Глобальное обязательство США и ЕС по метану нацелено на по крайней мере 30% -ное сокращение до уровня 2020 года к 2030 году. В случае его принятия на глобальном уровне, достижение этой цели позволит избежать более 0.2 ° C потепления к 2040-м годам и удерживают нас на пути, соответствующем сохранению в пределах 1,5 ° C, согласно Глобальной оценке метана .

Согласно отчету Председателя о сегодняшнем заседании,

«Многие члены MEF, включая Европейский Союз, Аргентину, Индонезию, Италию, Мексику, Соединенное Королевство и Соединенные Штаты, заявили о своем намерении присоединиться. Сообщалось, что страны, не входящие в MEF, в том числе Гана и Ирак, также выразили намерение присоединиться к Глобальному обещанию по метану.В число этих первых сторонников Клятвы входят шесть из 15 крупнейших в мире источников выбросов метана, на которые вместе приходится более одной пятой мировых выбросов метана и почти половина мировой экономики ».

Обязательство в отношении 30% основано на усилиях президента Байдена и специального посланника президента по вопросам климата Джона Керри, начиная с апрельского саммита Форума крупнейших экономик по климату, направленных на поощрение глав государств к сокращению выбросов метана, и соответствует цели президента Байдена по обеспечению 2020-е годы — десятилетие борьбы с изменением климата.Как сказал президент Франции Макрон на апрельском саммите: « 2030 — это новый 2050 год ».

«До саммита президента Байдена по климату в центре внимания климатической политики находилась более отдаленная цель — углеродная нейтральность к 2050 году», — сказал Дурвуд Заелке, президент Института управления и устойчивого развития (IGSD). «По мере того, как время истекает, команда Байдена переориентирует на 2030 год, с немедленным сокращением выбросов метана как лучшего способа замедлить краткосрочное потепление в течение следующего критического 20-летнего периода.Сокращение выбросов метана также является лучшей стратегией для замедления самоусиливающейся обратной связи и предотвращения опасных климатических переломов, чтобы мы могли продолжить гонку до 2050 года ».

Согласно историческому отчету Global Methane Assessment , опубликованному в мае 2015 г., резкое сокращение выбросов метана — единственный способ удержать среднюю мировую температуру от выхода за пределы 1,5 ° C выше доиндустриальных уровней в течение следующих двух или трех десятилетий. в этом году Программой ООН по окружающей среде (ЮНЕП) и Коалицией по климату и чистому воздуху (CCAC).Совсем недавно в 6-м оценочном отчете МГЭИК дополнительно подтвердилось, что немедленное и резкое сокращение выбросов метана имеет важное значение, подчеркнув необходимость «сильного, быстрого и устойчивого сокращения выбросов Ch5 [метана]» для ограничения потепления.

Обезуглероживание энергетической системы и достижение нулевого уровня выбросов имеет решающее значение для стабилизации климата и поддержания температуры ниже 1,5 ° C к концу этого столетия. Прекращение сжигания ископаемых видов топлива, таких как уголь и дизельное топливо, также означает сокращение сопутствующих выбросов охлаждающих аэрозолей.Эти охлаждающие аэрозоли выпадают из атмосферы от нескольких дней до месяцев, и это компенсирует снижение потепления от декарбонизации примерно до 2050 года.

Единственная стратегия, которая может уменьшить потепление в следующие 10-20, даже 30 лет, — это сократить выбросы метана и других короткоживущих сверхклиматических загрязнителей. Одно лишь сокращение выбросов метана может предотвратить потепление почти на 0,3 ° C к 2040-м годам, а также поможет уменьшить загрязнение тропосферным озоном, которое также способствует потеплению, а также наносит ущерб здоровью, урожаю и поглотителям углерода.

Zaelke добавил: «Снижение выбросов метана необходимо в дополнение к усилиям по обезуглероживанию, и обе стратегии должны быть максимально ускорены, чтобы замедлить опасные необратимые изменения климата».

«В 2021 году климатические нарушения будут выбивать нас из колеи», — сказала доктор Габриэль Дрейфус, старший научный сотрудник IGSD. «Частота и интенсивность этих крайностей пугают, и если мы не хотим столкнуться с еще более суровым будущим, нам нужно сделать это моментом для метана.Метановая стратегия — лучшая и самая быстрая стрела в нашем колчане, которая искривляет температурную кривую и дает нам время для декарбонизации к 2050 году ».

«Глобальное обещание по метану» будет официально объявлено на COP26, громком климатическом саммите Организации Объединенных Наций в Глазго, который состоится в первые две недели ноября.

В память о невоспетых героях нашего времени

Вашингтон, округ Колумбия — Институт будущего жизни сегодня объявил, что директор по исследованиям IGSD д-р.Стивен О. Андерсен был выбран на премию Future of Life Award вместе с доктором Сьюзен Соломон и покойным Джозефом Фарманом за их самоотверженные усилия по защите стратосферного озонового слоя. Их усилия получили признание за то, что они помогли сделать подписанный в 1987 году Монреальский протокол по веществам, разрушающим озоновый слой, самым успешным международным договором в истории.

Премия «Будущее жизни» присуждается лицам, которые приняли исключительные меры для защиты общего будущего человечества.Те, кто, не получив в то время особого признания, помогли сегодня стать намного лучше, чем они могли бы быть в противном случае.

Доктор Андерсен получил эту награду за пожизненные достижения, работая в IGSD, Агентстве по охране окружающей среды США, Sierra Club, Институте экологического права, Совете по потребительской энергии, Гавайском университете и Атлантическом колледже. Его неустанные усилия объединили лидеров промышленности, правительства и научного сообщества для совместной работы, чтобы добиться успеха Монреальского протокола.Он является сопредседателем-основателем и 27-летним членом Группы по техническому обзору и экономической оценке Монреальского протокола, а также разработчиком и исполнителем исключений в отношении основных видов применения. Его вклад в Протокол охватывает технические, экономические, политические и социальные аспекты.

Доктор Сьюзан Соломон руководила антарктической экспедицией по исследованию озона в 1986-87 годах. Ее работа подтвердила, что ХФУ вызывают истощение озонового слоя, и определила, что залитые солнцем верхушки облаков катализируют дополнительные реакции разрушения озона, тем самым ускоряя скорость истощения.В последующие годы и Фарман, и Соломон стали эффективными общественными сторонниками разработки Монреальского протокола, на который вдохновила их научная работа.

«Для тех из нас, кому посчастливилось познакомиться со Стивом, мы обнаруживаем, что он остается с нами как коллега и друг на всю оставшуюся жизнь», — сказал Дурвуд Зельке, президент IGSD. «Я имел удовольствие работать со Стивом более 40 лет, сначала в Институте экологического права, где мы оба работали над энергоэффективностью во время первого нефтяного эмбарго, а затем, когда он выступал в качестве свидетеля-эксперта в судебных процессах, в которых я участвовал. Аляска для защиты природных и культурных ресурсов штата, а затем еще раз, когда Стив был в EPA.Он присоединился к IGSD более десяти лет назад после своей выдающейся карьеры в агентстве, и мы смогли успешно организовать поэтапный отказ от гидрофторуглеродов в соответствии с Кигалийской поправкой к Монреальскому протоколу, самой крупной из когда-либо предпринятых мер по обязательному смягчению последствий изменения климата ».

«Удивительно, чего добился доктор Андерсен», — сказал Марко Гонсалес, бывший исполнительный секретариат Венской конвенции ООН об охране озонового слоя и Монреальского протокола. «Его вклад варьируется от озона до защиты климата, от создания команды специалистов в области науки, экономики и технологий до работы с мировыми отраслями промышленности, от заключения многонациональных добровольных соглашений до убеждения отрасли в безвозмездной передаче запатентованных технологий и от работы с правительствами до создания игр. -смена бумаг и книг.Его сокровенная мотивация — это лучшее для планеты, его работа по защите озонового слоя обширна и глубока ».

«Для меня большая честь присоединиться к числу предыдущих лауреатов премии« Будущее жизни ». Это подтверждение моей работы — напоминание о том, насколько я невероятно благодарен замечательным людям, с которыми я работаю, защищая стратосферный озоновый слой и климат », — сказал д-р Стивен О. Андерсен.

«Получение этой награды напоминает мне о том, насколько я ценю силу амбициозных и бесстрашных команд.Дело в том, что защита стратосферного озонового слоя требует от правительств, корпораций и граждан неустанной работы на благо всего мира. Мы сделали это для озона, и мы можем сделать это для климата! »

Премия «Будущее жизни» в 2017 г. была присуждена Василию Архипову за исключительное предотвращение советского ядерного нападения на Соединенные Штаты в 1962 году, а награда 2018 года была вручена Станиславу Петрову за его помощь в предотвращении случайной ядерной войны в 1983 году. Мэтью Мезельсон за его выдающийся вклад в запрещение биологического оружия и сосредоточение биологии на лечении, а также награда 2020 г.Уильяму Фейджи и доктору Виктору Жданову за их успехи в искоренении оспы и запрещении биологического оружия. Премия финансируется соучредителем Skype Яаном Таллинном и вручается Институтом будущего жизни, некоммерческой организацией, пропагандирующей позитивное использование технологий.

Отчет Института будущего жизни о премии 2021 Future of Life Award доступен здесь.

Монреальский протокол — лучший в мире климатический договор и модель глобального соглашения по метану

В то время как мир вступает в решающую фазу борьбы с изменением климата, Международный день озона напоминает нам, что Монреальский протокол по веществам, разрушающим озоновый слой, не только спасает стратосферный озоновый слой и защищает нас от вредного ультрафиолетового излучения, но и также делает больше, чем любое другое соглашение, для замедления катастрофического глобального потепления.

Без Монреальского протокола изменение климата уже было бы масштабным и необратимым, и мы должны еще раз поблагодарить это блестящее соглашение за все, что оно было сделано. К концу столетия устойчивый прогресс Протокола на протяжении 33 лет его действия позволит избежать потепления на 2,5 ° C, которое в противном случае уже подтолкнуло бы планету к необратимым переломным моментам. И это в дополнение к достижению его первоначальной цели по восстановлению стратосферного озонового слоя.

Около 1,7 ° C этого предотвращенного потепления происходит из-за обязательного сокращения в соответствии с Протоколом чрезмерно загрязняющих химических веществ — ХФУ, ГХФУ, а теперь и ГФУ — используемых в основном в качестве хладагентов в охлаждающем оборудовании.

Дополнительного потепления на 0,8 ° C можно избежать за счет защиты лесов и других «поглотителей углерода» нашей планеты от разрушительного ультрафиолетового излучения, которое снижает их способность выводить углекислый газ из атмосферы и безопасно хранить его.

Празднуя достижения этого договора о спасении планеты, мы также должны осознавать, сколько еще предстоит сделать.Климатический кризис требует решений, которые могут быть приняты с молниеносной скоростью, включая дальнейшее усиление Монреальского протокола для решения проблемы закиси азота, последнего нерегулируемого химического вещества, разрушающего озоновый слой, и сильного загрязнителя климата.

Нам также следует обратиться к Монреальскому протоколу в качестве источника вдохновения для других отраслевых соглашений, начиная с метана, самого сильного загрязнителя климата после двуокиси углерода. Борьба с метаном — это самая крупная и самая быстрая стратегия замедления потепления в критическое следующее десятилетие до 2030 года и далее, которой можно избежать почти 0.3 ° C потепления к 2040-м годам.

Благодаря соглашению по метану, основанному на Монреальском протоколе, мы можем ускорить защиту климата, укрепить Парижское соглашение и дать миру шанс ограничить потепление до 1,5 ° C по сравнению с доиндустриальными уровнями.

Некогда медлить с решениями климата. Следование по стопам Монреальского протокола для ускорения действий по борьбе с изменением климата — наша лучшая стратегия предотвращения бедствий.

###

Министерство экологии и окружающей среды Китая выпустило Циркуляр по контролю за выбросами побочных продуктов ГФУ-23 (далее именуемый «Циркуляр») накануне Всемирного дня озона, который приходится на 16 сентября каждого года.Циркуляр был выпущен в рамках усилий Китая по осуществлению Кигалийской поправки к Монреальскому протоколу по веществам, разрушающим озоновый слой. Циркуляр вступает в силу 15 сентября 2021 г.

Циркуляр запрещает прямые выбросы гидрофторуглерода-23 (ГФУ-23) в процессе производства гидрохлорфторуглерода-22 (ГХФУ-22) и гидрофторуглеродов (ГФУ) с даты его вступления в силу. Циркуляр также предусматривает, что, за исключением сырья и контролируемых видов использования, ГФУ-23 должен быть уничтожен, насколько это практически возможно, с использованием технологии, одобренной Сторонами Монреальского протокола.Это соответствует формулировке Монреальского протокола (с поправками) в статье 2J, пп. 6 и 7.

Кроме того, в Циркуляре указывается, что компании должны устанавливать хранилища ГФУ-23 или принимать другие меры, чтобы избежать внезапных выбросов ГФУ-23. В случаях, когда установки по уничтожению и хранению ГФУ-23 выходят из строя, необходимо приостановить процессы производства ГХФУ-22 или ГФУ, чтобы избежать выбросов ГФУ-23. Циркуляр также поощряет технологические инновации для снижения уровня образования ГФУ-23 в качестве побочного продукта и содействия использованию ресурсов ГФУ-23 в качестве сырья.

Министерство экологии и окружающей среды имеет право проводить инспекции компаний на предмет потенциальной утечки или выбросов ГФУ-23. MEE планирует позже выпустить отдельное постановление о требованиях к сбору и представлению данных по ГФУ-23.

Кигалийская поправка к Монреальскому протоколу, согласованная Сторонами в октябре 2016 года, представляет собой самый крупный на сегодняшний день элемент смягчения последствий изменения климата. На виртуальном саммите с президентом Франции Макроном и канцлером Германии Меркель 16 апреля 2021 года президент Китая Си Цзиньпин объявил, что Китай примет Кигалийскую поправку.17 июня 2021 года Китай представил документ о ратификации Кигалийской поправки, которая вступила в силу в Китае 15 сентября 2021 года.

Быстрое поэтапное сокращение ГФУ может избежать будущего потепления на 0,5 ° C к 2100 году. Стэнли и др. (2020), ГФУ-23 имеет самый высокий потенциал глобального потепления среди всех ГФУ, и он преимущественно производится при производстве хладагентов ГХФУ-22. Помимо поэтапного отказа от ГФУ, повышение энергоэффективности охлаждающего оборудования может как минимум удвоить климатические преимущества Кигалийской поправки в ближайшем будущем.

На сегодняшний день 125 стран ратифицировали Кигалийскую поправку.

Избранные дополнительные ссылки IGSD China:

TRT World Now — В контексте внезапных наводнений в Нью-Йорке, Нью-Джерси и Филадельфии, пожаров на западе Калифорнии и урагана Ида, проходящего через Луизиану, президент IGSD Дурвуд Заелке отвечает на вопросы: « — это не совсем то. какие сцены, по словам ученых, мир мог бы видеть больше из-за изменения климата, вызванного людьми ? » и как вы думаете, станут ли эти события примером, необходимым политикам всего мира для принятия более эффективных стратегий борьбы с этим кризисом?

«Это тень будущего, но эта тень будет становиться все темнее и темнее.Это не статичный момент. Мы мчимся через систему, которая становится все хуже и хуже. И если мы не выиграем спринт до 2030 года, резко сократив количество суперзагрязнителей климата, мы рискуем потерять полный контроль над климатической системой ».

— Дурвуд Зелке, президент IGSD

Китай ставит задачи по сохранению лесов и пастбищ, подчеркивая важность естественных поглотителей углерода и биоразнообразия

23 августа 2021 г. — Управление лесного хозяйства и пастбищ Китая и Национальная комиссия по развитию и реформам Китая опубликовали 14 ^th Пятилетний план защиты и развития лесного хозяйства и пастбищ (далее «План»).

В течение 14 ^{-го пятилетнего периода} (2021-2025) План устанавливает 12 всеобъемлющих целей, в том числе увеличение площади лесов с 23,04% до 24,1%, увеличение покрытия пастбищной растительностью с 56,1% до 57%, защиту 55%. ее водно-болотных угодий (рост с 52% в 2020 году), борьба с опустыниванием на площади 100 миллионов му (около 67 000 км²) и защита более 18% территории страны, находящейся под ее системой природных заповедников. В Плане также подчеркивается важность сохранения лесов и пастбищ для защиты естественных поглотителей углерода и биоразнообразия.

Недавно выпущенный Вклад Рабочей группы I в Шестой оценочный отчет МГЭИК (Отчет AR6) объясняет, как мало времени оставила нам климатическая система, чтобы удержаться от превышения порогового значения повышения глобальной температуры на 1,5 градуса Цельсия выше доиндустриального уровня. Хотя странам крайне важно принять быстрые меры по сокращению краткосрочных загрязнителей климата (SLCP), а также долгосрочной декарбонизации, также жизненно важно защитить и расширить невозвратные естественные поглотители углерода.Согласно отчету IPCC AR6, 31% антропогенных выбросов CO ₂ было удалено наземными экосистемами в течение 2010–2019 годов. Защита поглотителей земель не позволяет странам подрывать климатические выгоды от сокращения выбросов CO ₂ и SLCP и помогает странам достичь своих целей в отношении пикового уровня выбросов углерода и углеродной нейтральности.

В частности, защита лесных поглотителей требует от стран отказа от политики, поддерживающей использование лесной биомассы для производства энергии. Как отмечается в Докладе IPCC AR6, биоэнергетика на основе древесины — даже с учетом улавливания и связывания углерода (BECCS) — не является углеродноотрицательной в первые десятилетия.Кроме того, крупномасштабное развертывание BECCS угрожает водоснабжению, продовольственной безопасности и биоразнообразию.

В преддверии 15 ^{-й Конференции сторон} Конвенции о биологическом разнообразии и 26 ^{-й Конференции сторон} Рамочной конвенции Организации Объединенных Наций об изменении климата правительствам настоятельно рекомендуется пересмотреть свою политику в области биоэнергетики на предмет совместимости. с острой необходимостью защитить естественные поглотители углерода и биоразнообразие.

La Voz Op-Ed, Romina Picolotti

У нас есть 10 лет, чтобы изменить историю нашей планеты, если мы немедленно приступим к работе и сосредоточим наши усилия в основном на сокращении выбросов CO2, сокращении выбросов метана и воздержимся от уничтожения того, что у нас еще осталось.

Вторя последнему докладу МГЭИК, Ромина Пиколотти, президент Центра по правам человека и окружающей среде, напоминает нам, что наши действия имеют планетарный масштаб и влияние.

«Теперь мы можем сказать нашим внукам, что массивные пожары, частые сильные торнадо, засухи и наводнения, ускоряющееся вымирание видов, исчезновение арктических льдов, таяние ледников и истощение почв. , принадлежат нам. Именно нам удастся приписать постоянный дисбаланс планетной системы.

Но мы также можем рассказать нашим внукам еще одну историю, историю надежды, о том, как нам удалось повернуть вспять и восстановиться после этого климатического кризиса. Как конкретными действиями мы решили спасти самое главное, наш дом, чтобы они тоже могли жить на планете, которая приветствует всех нас без дискриминации. И как в этом спасении мы также спасли себя как человечество и общество, создав достойные рабочие места и искоренив бедность.

Для этого важно иметь план действий, основанный на науке и лишенный идеологий.Это именно то, что содержится в последнем отчете МГЭИК с важной научной новинкой (метан) и ограниченным временем: это десятилетие ».

Подробнее на https://www.lavoz.com.ar/opinion/las-tormentas-de-nuestros-nietos-10-anos-despues/

Автор: Дурвуд Зельке и доктор Габриэль Дрейфус

Время истекло, как утверждают ученые мира, которые только что выпустили свое самое серьезное предупреждение, выпустив доклад по климатологии для Межправительственной группы экспертов по изменению климата (МГЭИК) Организации Объединенных Наций.

Отчет, выпущенный в понедельник, является первой частью Шестого оценочного отчета МГЭИК (AR6), который будет завершен в 2022 году. В этом выпуске Рабочей группы 1 рассматриваются физические научные основы изменения климата. В отчете описывается, как мало времени осталось, чтобы притормозить потепление и направить мир в нужное русло, чтобы не превысить пороговое значение на 1,5 градуса Цельсия выше доиндустриальной температуры, которая, по подсчетам ученых, по-прежнему может обеспечить относительную безопасность климата. Как минимум, важно, чтобы мы замедляли нагрев достаточно быстро, чтобы поддерживать уровень 1.Цель под углом 5 градусов в пределах видимости, даже при ограниченном перестреле.

AR6 дает понять, что изменение климата ускоряется и что каждый дополнительный прирост загрязнения климата наносит необратимый вред. Рекордные волны тепла и наводнения последнего месяца будут происходить все чаще и чаще, если мы не замедлим темпы потепления. Мы видим, как самоусиливающаяся обратная связь начинает ускорять потепление, и узнаем, что мы ближе к преодолению переломных моментов в климате, чем предполагалось ранее.Сюда входят новости на этой неделе об ослаблении показателей жизнедеятельности в конвейерной ленте тепла океана, атлантической меридиональной опрокидывающейся циркуляции, с серьезными последствиями для повышения уровня моря в восточной части Соединенных Штатов, экстремальных погодных изменений в Европе и нарушения сезонных муссонов.

Продолжайте читать на https://thehill.com/opinion/energy-environment/566960-this-is-the-do-or-die-decade-for-climate-change-world-scientists?rl=1

Первоначально опубликовано в журнале The Hill, 09 августа 2021 г.

26 июля 2021 года — На своей ежемесячной пресс-конференции министерство экологии и окружающей среды Китая объявило о планах внутренних нормативных и политических действий по реализации Кигалийской поправки к Монреальскому протоколу по веществам, разрушающим озоновый слой.

Это объявление основано на обязательствах, взятых президентом Си Цзиньпином ранее в этом году. На виртуальном саммите с президентом Франции Макроном и канцлером Германии Меркель 16 апреля 2021 года президент Си впервые объявил, что Китай примет Кигалийскую поправку к Монреальскому протоколу, а также усилит контроль над парниковыми газами, не относящимися к CO ₂ (ПГ), включая ГФУ, поэтапное сокращение которых планируется в соответствии с Кигалийской поправкой. Президент Си Цзиньпин также подчеркнул приверженность Китая «принять Кигалийскую поправку к Монреальскому протоколу» и «усилить контроль не связанных с CO ₂ парниковых газов» на Саммите лидеров по климату 22 апреля 2021 года.17 июня 2021 года Китай представил ратификационный документ Кигалийской поправки. Таким образом, Кигалийская поправка вступит в силу в Китае 15 сентября 2021 года.

На ежемесячной пресс-конференции в июле министерство экологии и окружающей среды Китая объявило о планах внутренних нормативных и политических действий по реализации Кигалийской поправки о поэтапном отказе от ГФУ, включая:

Для включения контроля над ГФУ во внутреннюю законодательную и регулирующую систему путем внесения поправок в Правила по управлению озоноразрушающими веществами (ОРВ) и корректировки Списка контролируемых ОРВ в Китае и Списка ОРВ для Импортно-экспортный контроль в Китае .
Для включения поэтапного отказа от ГФУ в Национальный план Китая по поэтапному отказу от ОРВ . Сбор, анализ данных по ГФУ и отраслевые исследования. Определите области, дорожные карты и политические меры для будущего внедрения поэтапного отказа от ГФУ.
Создать и внедрить систему лицензирования импорта и экспорта ГФУ. Сотрудничать с соответствующими министерствами и ведомствами в присвоении товарных кодов для импорта и экспорта ГФУ. Расширение возможностей национальной системы обзора и утверждения импорта и экспорта ОРВ для подготовки к включению импорта и экспорта ГФУ в систему обзора.
Издать политику контроля над ГФУ-23, чтобы регулировать и направлять деятельность промышленности по контролю за выбросами ГФУ-23.

Смягчение выбросов, не связанных с CO ₂ сверхклиматических загрязнителей, в частности метана, ГФУ, черного углерода и тропосферного озона, в сочетании со снижением выбросов CO ₂ и продвижением природных решений, особенно для защиты невозвратных поглотителей углерода, обеспечивают три из самых эффективных стратегий, помогающих сохранить уровень 1.Цель 5 ° C в пределах досягаемости. Эти стратегии снижают вероятность того, что мы спровоцируем катастрофические климатические воздействия, которые могут сделать цели по углеродной нейтральности середины века недостижимыми.

Кигалийская поправка к Монреальскому протоколу, согласованная Сторонами в октябре 2016 года, представляет собой самый крупный на сегодняшний день элемент смягчения последствий изменения климата. Быстрый отказ от ГФУ может предотвратить возможное потепление на 0,5 ° C к 2100 году. На сегодняшний день 122 страны ратифицировали Кигалийскую поправку к Монреальскому протоколу. Помимо поэтапного отказа от ГФУ, повышение энергоэффективности охлаждающего оборудования может как минимум удвоить климатические преимущества Кигалийской поправки в ближайшем будущем.

TRT World Now — Президент IGSD Дурвуд Зельке отвечает на вопросы Имеет ли значение климатический кризис в экстремальных погодных условиях? И, , с возобновлением усилий США в области климата, можно ли достичь более оптимистичных климатических целей или вы думаете, что у нас мало времени?

Zaelke напоминает нам, что «у нас нет времени экономить то, что мы можем», особо выделяя стратегии быстрого реагирования президента Байдена и его команды по климату, которые включают:

Остановить потепление климата от нарушения 1.Температурный барьер 5 ° C
Сделать текущее десятилетие до 2030 года десятилетием быстрых действий по борьбе с изменением климата
Помимо сокращения выбросов CO2, мы также уделяем особое внимание сокращению выбросов короткоживущих загрязнителей климата, помимо CO2, включая хладагенты HFC и метан, что является самым быстрым способом замедлить потепление.

Следующая страница »

(PDF) Фазовые изменения в квадродеревьях случайных точек

Чтобы доказать предельное распределение, мы применяем подход передачи момента, который уже давно доказал свою эффективность в различных задачах рекурсивного характера.Мы применили этот подход и разработали необходимые асимптотические инструменты

для многих задач, включая мобильные деревья поиска, обобщенную быструю сортировку и большинство

вариаций быстрой сортировки, корзины цифрового поиска, алгоритмы максимального поиска в распределенных сетях,

максимумов в прямоугольном треугольнике; дополнительные ссылки см. в обзорной статье [29].

Основная идея подхода состоит в том, что, поскольку все моменты удовлетворяют одной и той же рекуррентности (7), включить

анализ асимптотики высших моментов в разработку так называемого асимптотического переноса, который, грубо говоря, дает

асимптотика An от асимптотики Bn.Такой подход всегда сводит большую часть анализа

к получению первого и второго моментов, а остальная часть является более или менее механической. Он

также предлагает возможность уточнения предельных теорем более сильными результатами аппроксимации, такими как скорости сходимости

и локальные предельные теоремы, новые ингредиенты, необходимые для разработки m-арных деревьев поиска в [28];

см. Также [1].

Смена второй фазы. Усовершенствованный подход с передачей момента (см. [28]) показывает, что Xn претерпевает изменение фазы на

секунды в скорости сходимости к нормальному предельному закону (часто называемому границей Берри-Эссина).

Наш результат говорит о том, что скорость сходимости к нормальному закону имеет порядок n1 = 2, когда 1d7, но имеет более низкий порядок

n3.3 = 2p2 / n0: 24, когда dD8 . Обе ставки оптимальны по модулю подразумеваемых констант. Мы действительно выведем локальные предельные теоремы для Xn, которые более точны и информативны, чем сходимость в распределении

Разрешение рецидива (7). Точные решения рецидива (7) были впервые исследованы Flajolet

et al.в [19] (см. также [37,41]), в основном на основе решающего введения преобразования Эйлера. Асимптотические

свойства (7) также были подробно исследованы в [19] с использованием мощных комплексно-аналитических инструментов. Их подход

очень эффективен при выводе асимптотических разложений, но требует более точной информации о

с заданной «последовательностью платных дорог» Bn.

В этой статье мы показываем, что точное решение, данное с помощью преобразования Эйлера в [19] (см. (19)), также может быть

, полученным с использованием обычных производящих функций Пуассона.Хотя этот подход, по существу, тот же

, что и преобразование Эйлера для обычных производящих функций, он предлагает операционное преимущество в упрощении

вычисления точной дисперсии; см. раздел 3.2.

Асимптотический перенос рекуррентности (7). Мы разработаем асимптотический перенос, необходимый для вывода

асимптотик моментов. Большинство доказательств ранее известных фазовых изменений в деревьях случайного поиска и алгоритмах быстрой сортировки

в большей или меньшей степени основаны на разработке асимптотического переноса для дифференциальных уравнений Коши-Эйлера

(сокращенно DE) в форме

Полином.# / .z / D.z /; (9)

где  не зависит от  и #WD .1z / .d = dz /. Основная задача переноса в этой структуре —

для получения асимптотики Œzn.z /, когда известна асимптотика Œzn.z /, где Œzn.z / обозначает коэффициент

zn в разложении Тейлора f. Очень общая, элементарная асимптотическая теория для таких ДУ с большим числом приложений

дана в [7], происхождение такого развития прослеживается до анализа Седжвика

по быстрой сортировке (см. [47]).

Для квадродеревьев DE удовлетворяется производящей функцией A.z / WD PnAnznis, заданной формулой

# .z # / d1.A.z / B.z // D2dA.z /; (10)

Биомедицины | Бесплатный полнотекстовый | Множество ролей убиквитина в передаче сигналов NF-κB

5.1. Сигнальный путь TNF-R1

TNF-α представляет собой плейотропный воспалительный цитокин, который связывается с двумя различными рецепторами, TNF-R1 и TNF-R2, причем TNF-R1 демонстрирует более широкое клеточное распределение. Путь передачи сигналов TNF-R1 на сегодняшний день является наиболее подробно анализируемым путем активации NF-κB и представляет собой лучший комплексный пример, иллюстрирующий, как различные процессы убиквитинирования вносят вклад в образование мультибелковых комплексов и запускают передачу сигнала.На данный момент, по крайней мере, дюжина различных белков участвует в построении и активности так называемого TNF-R1 комплекса 1, который инициирует передачу сигналов NF-κB (Рисунок 7). Все они в значительной степени регулируются ПТМ, многие из которых включают убиквитин. Эти модификации, которые требуют нескольких лигаз E3, работающих на разных уровнях, генерируют многочисленные активные интерфейсы через UBD. Не менее важна роль негативных регуляторов, в основном семейства деубиквитиназ, которые обеспечивают тонкую настройку передачи сигнала, контролируя как уровень, так и продолжительность процесса активации.После воздействия TNF-α TNF-R1 тримеризирует и рекрутирует адаптерный белок домена смерти, связанный с рецептором фактора некроза опухоли типа 1 (TRADD), в его интрацитоплазматическом домене [71,72]. Это позволяет TRADD привлекать как серин / треонин-протеинкиназу 1, взаимодействующую с киназным рецептором (RIPK1), через свой домен смерти, так и E3-лигазу TRAF2 через свой N-конец, с возможным участием адаптера Src-ассоциированного в митозе 68 кДа (Sam68) [73]. Последующее полиубиквитинирование RIPK1 является ключевым событием в передаче сигнала [74].Неожиданно TRAF2 не ведет себя как лигаза RIPK1 E3 [75] в этой настройке. Вместо этого он играет роль каркасного белка, привлекающего две другие лигазы E3, клеточный ингибитор апоптозного белка-1 (c-IAP1) и c-IAP2, которые добавляют цепи, связанные с K63 и K11, к RIPK1. Это взаимодействие TRAF2 / c-IAP1 / 2 и результирующее полиубиквитинирование RIPK1 запускает рекрутирование комплекса E3 LUBAC, который нацелен на несколько компонентов комплекса 1, включая RIPK1 и сами c-IAP, посредством добавления связанных с M1 цепей убиквитина [ 76].На этой стадии полиубиквитинированный RIPK1 привлекает киназные комплексы TAK1 и IKK через их UBD-содержащие субъединицы TAB2 / TAB3 и NEMO, соответственно. Это в конечном итоге запускает фосфорилирование IKK за счет активации TAK1 и NF-κB. Важно отметить, что хотя модель, описывающая K63-связанные цепи убиквитина, привлекающие TAK1 через TAB2 / TAB3 с одной стороны, и M1-связанные цепи, привлекающие IKK через NEMO, с другой, была первоначально предложена, недавнее открытие синтезированных смешанных полиубиквитинированных цепей [77] предполагает вместо этого еще более беспорядочный механизм с оптимальной близостью между IKK и его киназой TAK1 [78], далее амплифицируемый LUBAC-индуцированным M1-связанным убиквитинирование самого NEMO, вызывая аутоагрегацию IKK.Этот набор событий представляет собой согласованную базовую модель активации IKK / NF-κB при воздействии TNF-α (ограничения и некоторые спорные вопросы см. Ниже). Кроме того, вероятно, будут действовать несколько других уровней регулирования, включающих набор компонентов. На этой стадии все еще трудно однозначно отличить их реальный вклад в процесс активации NF-κB от их роли в регуляции так называемого «переключателя» RIPK1, который контролирует решение выживаемости клеток по сравнению с решением о смерти [79].В самом деле, после воздействия TNF-α клетка подвергается особой судьбе в зависимости от посттрансляционного статуса RIPK1 и его взаимодействия с конкретными партнерами. Как обсуждалось выше, убиквитинирование RIPK1 в комплексе 1 на клеточной мембране способствует активации NF-κB, позволяя рекрутировать IKK и его активирующую киназу TAK1. Тем не менее, RIPK1 также является критическим компонентом цитоплазматического комплекса 2, который образуется с прокаспазой 8 и Fas-ассоциированным белком с доменом смерти (FADD) при воздействии TNF-α и запускает апоптотическую гибель клеток.В случае активации NF-κB комплекс 2 остается неактивным за счет нейтрализации прокаспазы 8, в то время как, в отличие от этого, в отсутствие активации NF-κB активируется каспаза 8. Дополнительным связанным с NF-κB тормозом активации комплекса 2 является фосфорилирование RIPK1 с помощью IKK [80]. Другой RIPK1-содержащий комплекс (комплекс 3) также может образовываться, содержащий родственный белок RIPK3, когда активность каспазы 8 или FADD отменяется. Он вызывает гибель через некроптоз и включает псевдокиназу, подобную домену киназы смешанного происхождения (MLKL), субстрат RIPK3, вызывающий поры мембран и лизис клеток [81].Среди регуляторов, которые влияют на связанные с убиквитином события в активации NF-κB, но также контролируют переключение RIPK1, есть несколько DUBs [82]. Первым был идентифицирован A20, также известный как TNF-альфа-индуцированный белок 3 (TNFAIP3), который кодируется регулируемым NF-κB геном и является членом семейства деубиквитиназ OTU. Утверждается, что он также проявляет активность лигазы E3 [83], но остается неясным, является ли это внутренней активностью внутри клеток или активностью из-за его взаимодействия с лигазами E3, такими как Itch and RING finger protein 11 (RNF11) [84] .Как следствие, A20 может деубиквитинировать связанные с K63 цепи RIPK1, но также может регулировать его стабильность посредством прямой или косвенной индукции полиубиквитинирования, связанного с K48. Его собственная активность убиквитиновой протеазы, по-видимому, регулируется IKK2-индуцированным фосфорилированием [85], обеспечивая еще одну регуляторную связь между этим ферментом и сигнальным путем NF-κB. Наконец, A20 взаимодействует с A20-связывающим ингибитором активации NF-κB 1 (ABIN1), белком со сродством к убиквитину, и это взаимодействие играет критическую роль в его рекрутировании на TNF-R1 комплекс 1 и деубиквитинирование RIPK1 [86].В какой степени A20 влияет на передачу сигналов NF-κB, остается неясным. Wertz et al. [85] показали, что благодаря своему специфическому сродству к цепям, связанным с K63, и отсутствию распознавания цепей, связанных с M1, A20, он незначительно влияет на процесс активации NF-κB и действует в основном на TAK1-зависимую передачу сигналов, которая также связана с путями MAPK. Второй DUB, регулирующий процесс убиквитинирования при стимуляции TNF-α, — это CYLD. CYLD является дивергентным членом семейства USP, который специфически гидролизует K63-связанные или M1-связанные цепи [87].В некоторой степени его экспрессия может модулироваться с помощью NF-κB, но, по-видимому, он уже присутствует в покоящихся клетках и может ограничивать процесс активации NF-κB путем деубиквитинирования RIPK1 [88]. Другие субстраты CYLD могут включать двух его прямых партнеров NEMO или TRAF2 [89]. Недавно, связанный со сперматогенезом белок 2 (SPATA2) был идентифицирован как критический белок для рекрутирования CYLD в LUBAC внутри комплекса 1 посредством взаимодействия HOIP [90]. В некоторых случаях, часто связанных с трансформацией клеток и раком, повышающая регуляция активности NF-κB была связана со снижением экспрессии или активности CYLD [91].OTULIN — это еще один DUB, функция которого была подробно охарактеризована в контексте передачи сигналов TNF-R1. Он является членом семейства OTU DUBs, который проявляет очень специфическое и сильное сродство к M1-связанным цепям [92,93]. Следовательно, он регулирует LUBAC-индуцированное убиквитинирование после взаимодействия с HOIP через интерфейс PUB / PIM [94,95]. При сверхэкспрессии OTULIN блокирует активацию NF-κB, тогда как его подавление приводит к усилению активации NF-κB, скорее всего, за счет контроля уровня убиквитинирования, связанного с NEMO M1.Другие USP также могут участвовать в процессе активации NF-κB в ответ на TNF-α, но их точный способ действия и конкретная цель (цели) остаются неопределенными. Было показано, что USP2 отрицательно регулирует активность NF-κB в одном случае [96] и положительно в другом [97]. Опять же, было показано, что уровень убиквитинирования RIPK1 зависит от этого фермента. Сообщается, что два других USP контролируют активность той же цели. Во-первых, USP4 негативно регулирует TNF-α-индуцированную активацию NF-κB, удаляя K63-связанные цепи на RIPK1 при взаимодействии [98].Между прочим, этот DUB, как сообщается, также нацелен на TRAF2 [99] и дополнительные компоненты пути передачи сигналов NF-κB (см. Раздел 5.2 и Раздел 6.1). Во-вторых, USP21 также проявляет сродство к RIPK1 и действует как деубиквитиназа RIPK1, негативно регулирующая активацию NF-κB [100]. Сотрудничают ли эти DUBs и работают одинаковым образом в разных типах клеток или кооперируются, остается неизвестным. Активность / стабильность других компонентов комплекса 1 также может регулироваться процессами убиквитинирования. Во-первых, было показано, что TRAF2 модифицируется K63-связанным полиубиквитином при воздействии TNF-α, и это требует его предшествующего фосфорилирования по Thr117 с помощью протеинкиназы Cδ (PKCδ) и PKCε [101].Вовлеченная лигаза E3 может быть доменом HECT и анкириновым повтором, содержащим убиквитин-протеинлигазу 1 E3 (HACE1) [102]. K63-связанное полиубиквитинирование TRAF2 может помочь рекрутировать TAK1 и IKK. Уровень экспрессии TRAF2 также может контролироваться K48-связанным фосфорилированием для распознавания протеасом. Это может быть достигнуто с помощью карбокси-конца взаимодействующего белка Hsc70 (CHIP), U-box-зависимой лигазы E3, которая взаимодействует с TRAF2 [103]. Регулирование количества c-IAP и активности в сигнальном пути TNF-R1 также осуществляется контролируется событиями, связанными с убиквитином.Эти белки проявляют сильную активность лигазы E3 и способны убихинировать совокупность партнеров (TRAF2 может быть одним из них) или аутоубиквитинатом для протеасомной деградации. Это последнее свойство, деградация посредством самоубиквитинирования, может быть использовано в терапевтических целях с миметиками Smac [104]. Деубиквитиназа OTUB1 модулирует этот шаг, разбирая цепи, связанные с K48, из c-IAP [105]. Также было показано, что USP19 взаимодействует с c-IAP и предотвращает деградационное убиквитинирование c-IAP2, что приводит к стабилизации белка [106].Было бы интересно изучить, как USP19 влияет на NF-κB, учитывая его влияние на апоптоз. Пока ничего не сообщалось о контроле стабильности LUBAC во время нормального процесса передачи сигналов TNF-R1. Тем не менее, стоит упомянуть, что инвазионные плазмидные антиген-H белки 1.4 / 2.5 (Ipah2.4 / 2.5), модуляторы передачи сигналов Shigella врожденного иммунитета, притупляют путь NF-κB, взаимодействуя с HOIL-1L и конъюгируя цепи, связанные с K48. в HOIP для деградации [107]. Несмотря на обилие данных относительно компонентов и механизмов, участвующих в активации NF-κB с помощью TNF-α, важные вопросы, касающиеся точной роли ключевых участников, все еще нуждаются в прояснении.Например, RIPK1 был представлен выше как критический для активации IKK (и он также имеет решающее значение для индукции клеточной гибели, но это не является предметом настоящего обзора), но были описаны конкретные ситуации, в которых он не требуется для активации NF-κB. сообщил. Действительно, Wong et al. [108] показали, что несколько типов мышиных клеток все еще способны деградировать IκBα в ответ на TNF-α, когда Ripk1 становится недействительным. Поэтому можно задаться вопросом, может ли то, что изначально выглядит как очень сложная молекулярная система для набора киназ для активации NF-κB, достаточно хорошо компенсируется обширными событиями полиубиквитинирования, происходящими на других компонентах комплекса 1, таких как TRAF2, c-IAPs и LUBAC, с только «тонкие» воздействия на своевременную регуляцию процесса.В связи с этим Xu et al. [109] показали, используя элегантную стратегию замещения убиквитина, что K63-сцепленное полиубиквитинирование необязательно для TNF-α-опосредованной активации NF-κB. Таким образом, других модификаций с участием M1-связанных цепей убиквитина может быть достаточно для индукции NF-κB, по крайней мере, в условиях культивирования клеток. Что-то в соответствии с этой гибкостью сообщалось Blackwell et al. [110]. Конечно, эти особенности могут не относиться к «переключателю» RIPK1, контролирующему гибель клеток. Другой важный вопрос касается истинной функции TRAF2 в комплексе 1.Как упоминалось выше, TRAF2, как полагают, играет роль каркаса, позволяющего рекрутировать c-IAPs для полиубиквитинирования RIPK1. Это основано на том факте, что каталитически неактивная версия этой E3-лигазы, мутировавшая в своем каталитическом домене RING-finger, не влияет на процесс активации NF-κB [75]. Напротив, было предположено, что активность E3-лигазы TRAF2 участвует в передаче сигналов TNF-R1 со сфингозинкиназой 1 (Sphk1) в качестве кофактора [111]. Однако недавние исследования с использованием Sphk1 KO клеток не подтверждают эту модель [112].Тем не менее, было показано, что TRAF2 поддерживается TRAF5, по крайней мере, в MEFs, и ферментативная компенсация может действовать [113]. Наконец, в нескольких случаях наблюдалась парадоксальная отрицательная роль TRAF2 в передаче сигналов TNF-R1. В частности, сообщалось, что Traf2 / Traf5 KO MEFS проявляет повышающую регуляцию NF-κB до и после воздействия TNF-α [114]. Базальная активация NF-κB может быть результатом активации неканонического пути NF-κB (см. Раздел 7), но усиленный ответ на TNF-α объяснить труднее.В любом случае это указывает на то, что хотя все основные игроки в сигнальном пути TNF-R1 могли быть идентифицированы, детали их молекулярных функций все еще требуют дальнейшего изучения.

5.2. Сигнальные пути IL-1β R / TLR

Рецептор интерлейкина-1β (IL-1βR), рецептор воспалительного цитокина IL-1β и толл-подобные рецепторы (TLR), рецепторы, участвующие в распознавании PAMP, имеют общие черты с относительно их механизма активации NF-κB [115,116]. Это связано с наличием в их интрацитоплазматическом домене так называемого домена рецептора толл-интерлейкина (TIR), который взаимодействует с набором родственных TIR-содержащих адаптерных молекул [117].Эти адаптеры позволяют задействовать один и тот же набор белков для передачи сигнала, активирующего IKK. Тем не менее существуют различия, которые в основном связаны со способностью подмножества TLR дополнительно индуцировать NF-κB из внутриклеточных местоположений. В случае IL-1βR, взаимодействие димера, состоящего из самого IL-1βR и дополнительного белка рецептора IL1 ( IL1RAP) с IL-1β позволяет рекрутировать адаптерный белок рецептора толл-интерлейкина (TIRAP) и первичный ответ миелоидной дифференцировки 88 (Myd88) в TIR-домене IL-1βR, оба белка демонстрируют TIR-домены (фиг. 8).Затем домен смерти (DD) Myd88 последовательно привлекает DD-содержащую киназу 4, ассоциированную с рецептором интерлейкина-1 (IRAK4), IRAK1 и IRAK2, с образованием олигомерного комплекса, называемого миддосомой [118,119]. Через свои мотивы PXEXXE IRAK1 и 2 индуцируют рекрутинг и индуцированную мультимеризацией активацию E3 лигазы TRAF6 [120]. Одновременно другие лигазы E3 Pellino1 и 2 взаимодействуют с IRAK1 или 4 через их домен, связанный с вилкой (FHA) [121, 122, 123], и активируются путем фосфорилирования.Вместе с TRAF6 они синтезируют связанные с K63 цепи, которые распознаются комплексом TAK и IKK, запуская активацию IKK. В этом контексте белки Pellino, по-видимому, играют основную роль в синтезе цепей, связанных с K63, в основном нацеливаясь на IRAK1, тогда как TRAF6 выполняет дополнительную функцию каркаса, рекрутируя LUBAC. Это позволяет полностью активировать NF-κB за счет синтеза M1-связанных цепей убиквитина и привлечения IKK через NEMO. Опять же, цепи полиубиквитина, связанные с K63 и M1, нельзя синтезировать независимо.Действительно, было показано, что гибридные цепи образуются и прикрепляются к IRAK1 [124]. Вдобавок, незакрепленные цепи также синтезируются [125], но их точная функция остается неопределенной. Весь описанный здесь процесс жестко регулируется во времени и может зависеть от субкомплексов с различными внутриклеточными местоположениями. Было высказано предположение, что после инициации процесса активации на мембране TRAF6 / TAK1-содержащий комплекс перемещается в цитозоль [126], при этом требуется TRAF6 / c-IAP-зависимая деградация Myd88-ассоциированного TRAF3 [127].Эта зависимость от внутриклеточной локализации дополнительно проиллюстрирована данными, касающимися передачи сигналов членами семейства TLR. В случае TLR4, который распознает LPS, полученный из грамотрицательных бактерий, в сочетании с фактором дифференцировки миелоида 2 (MD2) и / или кластером дифференцировки 14 (CD14), сигнальный путь, описанный выше для IL-1βR, действует и генерирует первый волна активации NF-κB. Затем TLR4 интернализуется и перемещается в эндосому, где генерирует вторую волну активации NF-κB.На этом этапе TIR-домен TLR4 привлекает TRIF-родственную адаптерную молекулу (TRAM), которая сама связывается с белком, содержащим TIR-домен, индуцирующим адаптер-индуцирующий интерферон-β (TRIF) [128]. TRIF-зависимая передача сигналов к NF-κB вовлекает членов семейства TRAF, таких как TRAF2 и TRAF6, которые оба взаимодействуют с TRIF через TRAF-связывающие домены [129]. Интересно, что TRIF также взаимодействует с RIPK1 посредством мотива гомотипического взаимодействия RIP (RHIM) / гомотипического связывания RHIM [130, 131]. K63-связанное убиквитинирование TRIF и TRAF6, как предполагается, позволяет рекрутировать TAK1 и IKK для активации IKK, но молекулярные детали отсутствуют, особенно те, которые касаются точной функции RIP, возможно, в связи с TRAF2.Др. Лигаза E3, Pellino1, должна быть рассмотрена, поскольку она необходима для TRIF-зависимой активации NF-κB и будет участвовать в рекрутинге и убиквитинировании RIPK1 [132]. Внутриклеточные члены семейства TLR, распознающие разнообразие лигандов, таких как TLR3 (лиганд: двухцепочечная РНК), TLR7 (лиганд: одноцепочечная РНК) и TLR9 (лиганд: ДНК CpG), также активируют NF-κB через этот TRIF-зависимый путь. Отрицательная регуляция сигнальных путей IL-1β / TLR, связанная с убиквитином, происходит на нескольких уровнях.На мембранном уровне ассоциированная с мембраной лигаза E3, ассоциированная с мембраной RING-CH 8 (MARCH8), подавляет количество IL1RAP посредством K48-связанного убиквитинирования [133]. Это приводит к снижению набора Myd88 и IRAK-1 после стимуляции IL-1β. После связывания с Myd88 фосфоактивированный OTUD4 представляет собой DUB, который удаляет связанные с K63 убиквитиновые цепи из Myd88, IRAK1 и TRAF6, снижая передачу сигналов IL-1βR и TLR4 [134]. Среди этих компонентов убиквитинированный TRAF6 представляет собой регуляторную мишень для большого набора дополнительных белков.Среди них такие USP, как USP2a, USP4 и USP20, которые переваривают K63-связанные цепи убиквитина и ингибируют передачу сигналов IL-1β / TLR [135, 136, 137]. CYLD, A20, Itch, малый гетеродимерный партнер (SHP) и активатор NF-κB, связанный с членом семейства TRAF (TANK), также негативно регулируют K63-связанное убиквитинирование TRAF6 посредством различных механизмов. CYLD и A20 являются DUBs, последний работает с Itch [138, 139], тогда как SHP и TANK являются TRAF6-связывающими белками, косвенно влияющими на статус убиквитинирования TRAF6 [140, 141].В случае TANK действует комплекс TANK-моноцит, индуцированный хемотаксическим белком-1 (MCPIP1) -USP10, при этом TANK играет роль адаптера для деубиквитинирования TRAF6 с помощью USP10. Наконец, RNF19A через nod-подобный рецепторный белок 11 (NLRP11), WW-домен-содержащая протеин-лигаза 1 (WWP1) и TRIM38 являются лигазами E3, которые конъюгируют TRAF6 с цепями, связанными с K48, вызывая его деградацию [142,143,144]. TLR4-зависимый процесс активации NF-κB, функция которого точно настраивается с помощью процесса, опосредованного убиквитином, — это TRAF3 (см. Выше).Его зависимая от убиквитинирования деградация подавляется USP25 [145].

5.3. Сигнальный путь Nod1 / Nod2

Нуклеотид-связывающий домен олигомеризации 1 (Nod1) и Nod2 являются двумя цитоплазматическими членами семейства NOD-LRR (лейцин-богатые повторы) с CARD (домен рекрутирования каспаз) (NLRC), которые распознают бактериальные пептидогликаны [146, 147, 148]. ]. Nod1 обнаруживает γ-d-глутамил-мезодиаминопимелиновую кислоту (iE-DAP) из грамотрицательных бактерий и подмножества грамположительных бактерий. Nod2 обнаруживает структуры мурамилдипептида (MDP) как грамположительных, так и грамотрицательных бактерий.Оба они демонстрируют один (Nod1) или два (Nod2) домена CARD на N-конце, за которыми следует домен NOD и ряд LRR. Эти повторы отвечают за связывание лиганда. В покоящихся клетках белки Nod имеют аутоингибируемую мономерную конформацию. При взаимодействии со своими лигандами они самоолигомеризуются и рекрутируют RIPK2 посредством гомотипических взаимодействий CARD-CARD. Это запускает сложный набор событий фосфорилирования и убиквитинирования, конечной функцией которых является обеспечение рекрутирования IKK и его киназы TAK1 (Рисунок 9).Неожиданно действует тирозинкиназная активность RIPK2, но не серин / треониновая, индуцируя аутофосфорилирование RIPK2 по остатку Tyr474 [149]. Убиквитинирование RIPK2, в котором участвует остаток Lys209, также происходит при его взаимодействии с Nod2 [150,151]. Несколько различных лигаз E3 могут регулировать этот процесс. Среди них c-IAP, X-связанный ингибитор белка апоптоза (XIAP), Pellino3 и TRAF, такие как TRAF2, TRAF5 и TRAF6. C-IAPS, как было показано, взаимодействует с RIPK2 и индуцирует его убиквинирование, связанное с K63 и K48 [152].Сообщалось также, что XIAP взаимодействует с киназным доменом RIPK2 через свой бакуловирусный ингибитор домена повтора 2 белка апоптоза (Bir2), но неясно, какой тип полиубиквитиновых цепей он добавляет к RIPK2 [153]. Пеллино является третьей лигазой E3, которая взаимодействует с RIPK2 через свой домен FHA и запускает его полиубиквитинирование, связанное с K63 [154]. Все эти лигазы необходимы для индукции NF-κB в ответ на активацию Nod2, поэтому вполне вероятно, что они выполняют разные функции.Взаимодействия C-IAP / RIPK2 и Pellino3 / RIPK2 коррелируют с K63-связанным убиквитинированием RIPK2, и это может индуцировать рекрутирование комплекса TAK. Более того, было показано, что c-IAP2 способствует фосфорилированию тирозина RIPK2. Напротив, XIAP может играть роль каркаса, чтобы привлекать как комплекс TAK, посредством прямого взаимодействия с его доменом Bir1, так и, что более важно, комплекс E3 LUBAC [155,156]. Как следствие, LUBAC будет синтезировать M1-связанные цепи, позволяя рекрутировать IKK через NEMO.Как и в других сигнальных путях, представленных выше, индуцированная близость комплексов TAK и IKK может приводить к активации IKK. Опять же, гибридные цепи убиквитина могут представлять подлинный якорь во время этого процесса [77]. Роль TRAFs в передаче сигналов Nod2 более спорна. Первоначально сообщалось, что TRAF6 необходим для активации NF-κB [157], но это не было подтверждено другими исследованиями. В частности, Hasegawa et al. [151] сообщили, что вместо TRAF6 два других TRAF, которые часто работают совместно, TRAF2 и TRAF5 (см. Раздел 5.1), были активными лигазами для RIPK2. Учитывая сказанное выше о другом E3, нацеленном на RIPK2, такое наблюдение требует дальнейшего изучения. Тонкая настройка сигнализации и отключения Nod2 достигается с помощью нескольких механизмов. Во-первых, как и Nod2, RIPK2 контролируется в цитоплазме перед стимуляцией клеток, хотя он взаимодействует с митоген-активируемым протеином / киназой, регулируемой внеклеточными сигналами (ERK), киназой 4 (MEKK4) [158]. После активации Nod2 RIPK2 диссоциирует от MEKK4, чтобы взаимодействовать с Nod2.Во-вторых, модуляция активности и стабильности нескольких компонентов регулируется сложными процессами убиквитинирования с участием лигаз E3 и DUBs. Как описано в других сигнальных путях, OTULIN, посредством своего рекрутирования LUBAC, может гидролизовать M1-связанные цепи убиквитина, чтобы остановить передачу сигнала [93]. LUBAC также предоставляет платформу для набора SPATA2 / CYLD с тем же результатом [159,160]. Более того, E3 лигаза Itch действует как ингибитор передачи сигналов Nod2 посредством убиквитинирования и инактивации RIPK2 [161].Интересно, что эффективная функция Itch требует фосфорилирования тирозина RIPK2. Это указывает на двойную положительную и отрицательную функцию тирозинированного RIPK2: после разрешения передачи сигналов Nod2 через все еще неясный механизм он может участвовать в его отключении. Поскольку A20, как было показано, негативно регулирует активность Nod2 / RIPK2 посредством деубиквитинирования RIPK2 [159, 162], может быть задействован комплекс A20 / Itch, как и в сигнальном пути TNF-R1 (см. Раздел 5.1). Другая лигаза E3, цинк и безымянный палец 4 (ZNRF4), также действует на уровне RIPK2, контролируя его уровень посредством полиубиквинирования, связанного с K48 [163].Стабильность активного Nod2 сама регулируется с помощью TRIM27, который конъюгирует Nod2 с K48-связанными полиубиквитинированными цепями для деградации протеасомой [164]. Наконец, Sh3-содержащая инозитолфосфатаза (SHIP) негативно регулирует путь передачи сигналов Nod2 / NF-κB за счет нарушения взаимодействия между XIAP и RIPK2 [165].

5.4. MAVS Pathway

Внутриклеточные ретиноидно-индуцибельные рецепторы, подобные гену I (RIG-I) (RLR), регулируют синтез интерферонов типа I (IFN) после распознавания вирусной РНК [166, 167, 168].Семейство RLR включает RIG-I, ген 5, связанный с дифференцировкой меланомы (MDA5) и лабораторию генетики и физиологии 2 (LGP2), которые все связывают дцРНК посредством своего эффекторного домена смерти (DEAD) / геликазного домена H-бокса РНК. Затем через свои CARD, RIG-I и MDA5 активируют митохондриальный антивирусный сигнальный белок (MAVS), который, в свою очередь, активирует сигнальные пути NF-κB и IRF, чтобы запустить продукцию IFN. LGP2, лишенный CARD, первоначально считался негативным регулятором этого процесса, но вместо этого может способствовать распознаванию вирусной РНК с помощью RIG-I и MDA5 через его АТФазный домен [169].Неудивительно, что несколько событий убиквитинирования регулируют MAVS-зависимую передачу сигнала [170,171] (Рисунок 10). Во-первых, при распознавании вирусной РНК воздействие CARD-доменов индуцирует K63-связанное полиубиквитинирование RIG-I по Lys172 с помощью TRIM25 [172] с помощью циклофилина A (CypA) [173]. Это индуцирует образование олигомеров RIG-I высокого порядка через CARD RIG-I, которые проявляют сродство к цепям, связанным с K63 [174]. Незакрепленные цепи, связанные с K63, также могут участвовать в этом процессе [175]. Было показано, что другие лигазы E3 также индуцируют K63-связанное полиубиквитинирование RIG-I.Riplet может помочь открыть RIG-I и облегчить его убиквитинирование с помощью TRIM25 [176]. После дополнительной идентификации TRIM4 и гомолога MEX-3 C (C. elegans) (MEX3C) как лигазы E3 для RIG-I [177,178] Sun et al. [179] предложили иерархическую модель активации RIG-I с помощью K63-связанного убиквитинирования. Тот же самый процесс индуцированной активации полиубиквитинированием, связанным с K63, происходит с MDA5. В этом случае TRIM65 представляет собой активную лигазу E3 [180]. Затем олигомеризованные RIG-I и MDA5 запускают обширную полимеризацию MAVS на поверхности митохондрий посредством прионоподобного механизма [181], позволяя рекрутировать белки, участвующие в активации NF-κB и / или IRF.Мы сосредоточимся здесь на белках, участвующих в активации NF-κB, пренебрегая как их дополнительной функцией в активации IRF, так и белками, специфически регулирующими этот параллельный процесс. Среди этих участников в первую очередь члены семьи TRAF. Действительно, MAVS содержит связывающие мотивы для TRAF2, TRAF3, TRAF5 и TRAF6. Мутации всех этих мотивов необходимы для полного устранения активации NF-κB, при этом TRAF6, TRAF2 и TRAF5 выполняют избыточные функции [182,183,184], тогда как роль TRAF3 все еще остается спорной.Активность E3 TRAFs необходима, и K63-связанное полиубиквитинирование необходимо для рекрутирования IKK через NEMO, но точный модифицированный партнер (ы) неизвестен (ы). В самом деле, мутированный TRAF6, который не может быть убиквитинирован, остается активным в этом пути. Более того, хотя обнаружено, что TRAF2 связан с NEMO, ингибирование его убиквитинирования также не влияет на процесс активации NF-κB. Тем не менее, когда такое же ингибирование сочетается с потерей экспрессии HOIP, активность NF-κB не индуцируется [182], что указывает на другой уровень избыточности, включающий M1-связанные цепи.Участие TAK1, который часто играет роль активирующей IKK киназы, все еще остается неясным, оставляя открытым вопрос о последнем этапе активации IKK и его предполагаемом сходстве с описанными для других сигнальных путей. Стоит отметить, что сообщалось о пути MAVS / TRAF2 / TAK1, контролирующем активацию MAPK p38, но его роль в активации NF-κB не анализировалась [185]. Модуляция активации MAVS с помощью убиквитин-связанных PTMs сложна [170]. Как указано выше, TRIM25 индуцирует K63-связанное полиубиквитинирование RIG-I для инициации передачи сигналов.Количество TRIM25 контролируется самим DUB USP15, который удаляет цепи, связанные с K48 [186]. На этом уровне было предложено, чтобы LUBAC действовал через неортодоксальный двойной механизм. Он может вызывать деградацию TRIM25 посредством деградации протеасом и конкурировать с TRIM25 за распознавание RIG-I [187]. Активирующие цепи RIG-I, связанные с K63, протеолизируются с помощью USP3, USP21 и CYLD [188,189,190,191], тогда как RNF122 и RNF125 могут индуцировать деградацию RIG-1 посредством полиубиквитинирования, связанного с K48 [192,193,194].Этот процесс ингибируется USP4 [195]. RNF125 оказывает широкое влияние на сигнальный путь MAVS, поскольку он также может действовать на MDA5 и MAVS, вызывая их деградацию [193,194]. Это не единственная лигаза E3, вызывающая деградацию MAVS протеасомой. Домен HEC, содержащий E3-лигазы Smad ubiquitin, регулирующий фактор 1 (Smurf1), через взаимодействующий белок 1 семейства Nedd4 (Ndfip1), [196] и Smurf2 [197], ингибируют индукцию интерферона, способствуя K48-связанному полиубиквитинированию MAVS. MARCH5 связывается с MAVS только после его полимеризации, чтобы вызвать его деградацию [198].RNF5 также действует после индукции сигнала [199]. Активность этих двух лигаз может контролироваться неактивным ромбоидом 2 (iRhom2) [200]. Наконец, после индуцированного синтеза после вирусной инфекции поли (RC) связывающий белок 2 (PCBP2) негативно регулирует сигнальный путь RIG-I / MAVS, взаимодействуя с MAVS и рекрутируя E3-лигазу взаимодействующий с атрофин-1 белок 4 (AIP4) для MAVS. деградация протеасомой [201].

5,6. Путь TCR / BCR

Рецептор Т-клеток (TCR) и рецептор В-клеток (BCR), экспрессируемые на лимфоцитах, распознают чужеродные антигены и представляют собой столпы адаптивного иммунитета, позволяя усилить ответ памяти.Оба вызывают активацию NF-κB через сходные компоненты и процессы. Проксимальная сигнализация в TCR / BCR [215] здесь не описывается. Мы сконцентрируемся только на общих событиях после активации PKCθ и PKCβ в Т-клетках и В-клетках соответственно [216, 217] (Рисунок 12). Обе эти киназы нацелены на CARD-содержащий связанный с мембраной гуанилаткиназу (MAGUK) белок 1 (CARMA1), член небольшого семейства адаптеров, отображающих домен MAGUK. В покоящихся лимфоцитах CARMA1 принимает закрытую неактивную конформацию, связанную с плазматической мембраной.После фосфорилирования с помощью PKCθ / β, CARMA1 открывается и олигомеризуется через свои CC домены [218]. Это обеспечивает платформу, связанную с плотом, для привлечения посредством взаимодействия CARD / CARD В-клеточной лимфомы 10 (Bcl10), которая связана с транслокационным белком 1, ассоциированным с лимфомой, ассоциированной со слизистой оболочкой (MALT) (MALT1). Этот тройной комплекс называется комплексом CARMA1 / Bcl10 / MALT1 (CBM). Через свои связывающие мотивы TRAF6 MALT1 затем рекрутирует TRAF6, который добавляет K63-связанные полиубиквитиновые цепи на несколько компонентов комплекса CBM, среди них MALT1 и Bcl10 [219].Взаимодействие MALT1 / TRAF6 может быть усилено совместным взаимодействием с USP2a [220]. Результирующий кластер убиквитинированных белков, наконец, привлекает комплексы TAK и IKK для активации NF-κB. Этот последний шаг может происходить в цитозоле [221, 222]. Эта базовая модель может быть дополнительно уточнена с учетом следующих наблюдений. Во-первых, лигаза E3, вовлеченная в K63-связанное убиквитинирование CBM / активацию IKK, может не быть уникальным TRAF6, поскольку активация NF-κB все еще происходит в Traf6 KO T лимфоцитах [223].TRAF2 может выполнять избыточные функции с TRAF6, чтобы гарантировать убиквитинирование CBM [219]. Альтернативно, E3 ligase mind bomb 2 (MIB2) также может быть кандидатом, поскольку он взаимодействует с Bcl10 и индуцирует K63-связанное полиубиквитинирование компонентов CBM [224]. Во-вторых, M1-связанные цепи убиквитина могут также регулировать передачу сигналов TCR / BCR. Тем не менее, опубликованные данные противоречивы, даже с учетом предполагаемых различных требований во время передачи сигналов TCR и BCR. В самом деле, тогда как LUBAC необходим для передачи сигналов TCR, каталитическая активность субъединицы HOIP не требуется [225], указывая тем самым, что каркасная функция LUBAC может быть связана с TRAF6.Однако M1-связанное полиубиквитинирование Bcl10 наблюдается после стимуляции TCR [226] и во время хронической активации B-клеток [227], что указывает на специфическую потребность в LUBAC-зависимом связывании цепей M1. Возможное объяснение наблюдений Дюбуа и др. [225] может заключаться в том, что количественная оценка передачи сигнала TCR / BCR после отмены активности E3-лигазы LUBAC осложняется оставшейся зависимой от K63 активацией. Наконец, идентичность киназы, активирующей IKK, точно не определена в этом конкретном пути.TAK1 представляет собой очевидного кандидата, учитывая его широкое участие в путях, индуцирующих NF-κB, но в некоторых ситуациях он необязателен [228]. Др. MEKK, MEKK3, может выполнять ту же функцию параллельно или избыточно [229]. Было идентифицировано несколько негативных регуляторов связанных с убиквитином процессов в передаче сигналов TCR / BCR. A20 гидролизует K63-связанные цепи на MALT1, чтобы отключить активацию NF-κB [230]. Этой функции противодействует сам MALT1, член семейства паракаспаз, способный расщеплять и инактивировать A20 [231].MALT1 также действует таким же образом на CYLD, который деубиквитинирует TAK1 [232] и, возможно, TRAF6 и NEMO во время передачи сигналов TCR. В этом случае расщепление CYLD не влияет на амплитуду передачи сигналов NF-κB, но участвует в активации JNK [233]. Наконец, MALT1 расщепляет HOIL-1 с образованием доминантно-отрицательной версии LUBAC [234]. Следовательно, ключевой функцией MALT1 является управление амплитудой передачи сигналов TCR / BCR путем регулирования уровней LUBAC и A20 после передачи активирующего сигнала.Другой DUB, который подавляет активацию NF-κB при стимуляции TCR, — это USP34, который действует на этапе ниже активации IKK [235]. Он может регулировать деградацию IκBα. Как и в какой степени USP34 специфически активируется при стимуляции TCR, все еще требует дальнейшего изучения. Наконец, убиквитин-связанный и Sh4-домен, содержащий 3A (UBASh4A), является интригующим негативным регулятором передачи сигналов TCR к NF-κB. UBASh4A подавляет активацию IKK, и Ge et al. [236] предположили, что это может работать путем связывания с TAK1 и NEMO, тем самым препятствуя их распознаванию цепей, связанных с K63.Очень интересно, что ген, кодирующий этот убиквитин-связывающий белок, расположен в локусе риска диабета 1 типа. Кроме того, генетические варианты UBASh4A связаны с несколькими другими аутоиммунными заболеваниями.

5.7. Путь генотоксического стресса

Агенты, повреждающие ДНК, такие как ионизирующее излучение или химиотерапевтические препараты, вызывают генотоксический стресс, который запускает активацию NF-κB, что приводит к защите клеток от гибели [237,238]. Поэтому понимание молекулярных деталей этого процесса имеет первостепенное значение для повышения эффективности нескольких методов лечения рака.В этой конкретной ситуации было обнаружено, что необычные PTM NEMO играют критические функции в активации NF-κB через IKK. Более конкретно, пул свободных NEMO существует в покоящихся клетках и может перемещаться между цитоплазмой и ядром (рис. 13). Миямото и др. [239] были первыми, кто показал, что сумоилирование NEMO модулирует это перемещение при повреждении ДНК, вызывая накопление NEMO в ядрах. Конъюгация SUMO происходит на Lys277 / Lys 309, а белковый ингибитор активированного STAT (преобразователь сигнала и активатор транскрипции) y (PIASy) является лигазой SUMO E3, участвующей в этом процессе [240].Интересно, что сайт связывания PIASy на NEMO перекрывается с его сайтом связывания IKK, подтверждая, что сумоилирование действует на свободный пул NEMO. Предполагается, что в ядре сумоилированный NEMO взаимодействует с индуцированным P53 белком с доменом смерти (PIDD) и RIPK1 [241], но потребность в PIDD в процессе сумоилирования является спорной [242]. Альтернативно, полиАДФ-рибоза-полимераза 1 (PARP-1) может обеспечивать связь между восприятием повреждений ДНК и сумоилированием NEMO. Было показано, что PARP-1, модифицированный полиАДФ-рибозой, запускает образование комплекса, содержащего NEMO, PIASy и ataxia telangiectasia mutated (ATM), киназу, отвечающую на двухцепочечные разрывы ДНК [243].Тем не менее было показано, что эмбриональные фибробласты мыши Parp KO должным образом активируют NF-κB при воздействии повреждающих ДНК агентов. Следовательно, идентичность белков, регулирующих сумоилирование NEMO в ядре, остается неясной. Напротив, роль банкоматов в передаче сигналов четко установлена. В самом деле, он регулирует NEMO-зависимый процесс активации NF-κB после повреждения ДНК [244]. Более того, такая же обработка, повреждающая ДНК, индуцирует фосфорилирование NEMO с помощью ATM по Ser85 [245]. Фосфорилирование NEMO не требуется для его сумоилирования, но вместо этого контролирует его моноубиквитинирование по Lys277 и Lys309.Идентичность E3 лигазы, участвующей в этом моноубиквитинировании, и то, как сумоилированные сайты преобразуются в моноубиквитинированные сайты, остается неясным. В любом случае, этот PTM приводит к ядерному экспорту NEMO, сопровождаемому частью ATM. Как затем NEMO / ATM участвует в активации IKK в цитоплазме, все еще остается предметом дискуссий. Очевидно, что комплекс TAK1 участвует в этом процессе, поскольку клетки Tak1 KO не могут активировать NF-κB при повреждении ДНК. Комплекс NEMO / ATM может индуцировать K63-связанное убиквитинирование белка, богатого аминокислотами E, L, K и S (ELKS), с помощью E3-лигазы XIAP по механизму, который до сих пор не определен [246].Затем это могло бы привести к рекрутированию и активации TAK1. В то же время комплекс IKK также будет рекрутироваться и активироваться с помощью TAK1, аналогично тому, что было описано в других сигнальных путях (см. Выше). В этом процессе участвуют дополнительные белки. Во-первых, RIPK1, который играет функцию в ядерных событиях, ведущих к модификации NEMO, как было показано, также перемещается в цитоплазму, ассоциированную с NEMO и ATM, и необходим для рекрутирования комплекса TAK [247]. Во-вторых, LUBAC также участвует в пути генотоксического стресса и модифицирует NEMO с помощью M1-связанных цепей [248].Удивительно, но в исследовании Tergaonkar / Miyamoto (246) было показано, что NUB-домен NEMO необязателен для активации NF-κB при повреждении ДНК, что довольно трудно согласовать с критическим участием M1-связанных и K63-связанных цепей полиубиквитина в TAK1-зависимая активация NF-κB. Альтернативно, Hinz et al. [249] предположили, что при высвобождении цитоплазмы ATM взаимодействует с TRAF6 через TRAF6-связывающий домен и образует комплекс с c-IAP1 и NEMO для активации IKK через «стандартный» TAK1-зависимый режим.Важно отметить, что моноубиквитинирование NEMO также наблюдалось в этом исследовании. Это произошло после сумоилирования, как сообщают Wu et al. [245], но в данном случае исключительно в цитоплазме. Более того, моноубиквитинирование наблюдалось только после рекрутирования NEMO в ATM / TRAF6 / c-IAP1 и требовало домена NEMO NUB. Расхождения между этими исследованиями и отношениями между этими различными комплексами, если они действительно представляют разные сущности, требуют дальнейшей характеристики. Интересно, что Jin et al.[250] продемонстрировали неизбыточную функцию cIAPs и XIAP в пути генотоксического стресса и предположили, что c-IAP1 может быть лигазой E3, ответственной за моноубиквитинирование NEMO. Это могло бы объяснить последовательность событий, описанных Hinz et al. [249] и дополнительно демонстрирует высокую универсальность c-IAP1, также способного индуцировать 48-, K63- и, возможно, K11-связанное полиубиквитинирование. Отрицательная регуляция пути генотоксического стресса на уровне индукции NF-κB не полностью охарактеризована .

Кинотеатр Россия, г. Губкин, ул. Чайковского, д.18